<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>Dear Tom,</span></div><div><span>You are completely right. I sent a message on Numpy-discussion.</span></div><div><span><a href="http://mail.scipy.org/pipermail/numpy-discussion/2013-January/065213.html">http://mail.scipy.org/pipermail/numpy-discussion/2013-January/065213.html</a></span></div><div><span>Let's see what happens..</span></div><div><span>Cheers</span></div><div><span>Jerome</span></div>&nbsp; <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> <div style="margin: 5px 0px; padding: 0px; border: 1px solid rgb(204, 204, 204); height: 0px; line-height: 0; font-size: 0px;" class="hr" contentEditable="false" readonly="true"></div>  <b><span
 style="font-weight: bold;">De&nbsp;:</span></b> Thomas Robitaille &lt;thomas.robitaille@gmail.com&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">À&nbsp;:</span></b> Jerome Caron &lt;jerome_caron_astro@ymail.com&gt; <br><b><span style="font-weight: bold;">Cc&nbsp;:</span></b> "astropy@scipy.org list" &lt;astropy@scipy.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Envoyé le :</span></b> Mardi 15 janvier 2013 11h29<br> <b><span style="font-weight: bold;">Objet&nbsp;:</span></b> Re: [AstroPy] Missing some statistical method for your astronomy analyses in Python?<br> </font> </div> <br>I think this is something that should be brought up with the Numpy<br>developers, and it would probably benefit everyone to have a faster<br>median calculation function (not just astronomers). At the moment,<br>Numpy just uses a quicksort, but if one could achieve speedups of 5x,<br>then I think the Numpy devs might be interested.<br><br>Cheers,<br>Tom<br><br>On 15 January
 2013 10:51, Jerome Caron &lt;<a href="mailto:jerome_caron_astro@ymail.com" ymailto="mailto:jerome_caron_astro@ymail.com">jerome_caron_astro@ymail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; Dear Christoph<br>&gt; I think the calculation of median values in Numpy is not optimal. I don't<br>&gt; know if there are other libraries that do better?<br>&gt; On my machine I get these results:<br>&gt;&gt;&gt;&gt; data = numpy.random.rand(5000,5000)<br>&gt;&gt;&gt;&gt; t0=time.time();print numpy.ma.median(data);print time.time()-t0<br>&gt; 0.499845739822<br>&gt; 15.1949999332<br>&gt;&gt;&gt;&gt; t0=time.time();print numpy.median(data);print time.time()-t0<br>&gt; 0.499845739822<br>&gt; 4.32100009918<br>&gt;&gt;&gt;&gt; t0=time.time();print aspylib.astro.get_median(data);print time.time()-t0<br>&gt; [ 0.49984574]<br>&gt; 0.90499997139<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt; The median calculation in Aspylib is using C code from Nicolas Devillard<br>&gt; (can be found here: <a
 href="http://ndevilla.free.fr/median/index.html" target="_blank">http://ndevilla.free.fr/median/index.html</a>) interfaced<br>&gt; with ctypes.<br>&gt; It could be easily re-used for other, more official packages. I think the<br>&gt; code also finds quantiles efficiently.<br>&gt; Kind regards<br>&gt; Jerome Caron<br>&gt;<br>&gt; De : Christoph Deil &lt;<a href="mailto:deil.christoph@googlemail.com" ymailto="mailto:deil.christoph@googlemail.com">deil.christoph@googlemail.com</a>&gt;<br>&gt; À : "<a href="mailto:astropy@scipy.org" ymailto="mailto:astropy@scipy.org">astropy@scipy.org</a> list" &lt;<a href="mailto:astropy@scipy.org" ymailto="mailto:astropy@scipy.org">astropy@scipy.org</a>&gt;<br>&gt; Envoyé le : Mardi 15 janvier 2013 8h42<br>&gt; Objet : [AstroPy] Missing some statistical method for your astronomy<br>&gt; analyses in Python?<br>&gt;<br>&gt; Dear all,<br>&gt;<br>&gt; we would like to know which statistical methods you want to use for
 you<br>&gt; astronomy work with Python that are not readily available e.g. in scipy or<br>&gt; one of the existing scientific Python packages like e.g. statsmodels,<br>&gt; scikit-learn, astroML, …<br>&gt;<br>&gt; Please visit the wiki page for what has already been suggested, then reply<br>&gt; to this email or make an addition to the<br>&gt; <a href="https://github.com/astropy/astropy/wiki/What-methods-do-we-want-in-astropy.stats" target="_blank">https://github.com/astropy/astropy/wiki/What-methods-do-we-want-in-astropy.stats</a>?<br>&gt; wiki page directly.<br>&gt;<br>&gt; The plan is to add these methods either to astropy.stats or, if they are not<br>&gt; astronomy-specific, to one of the existing scientific Python packages.<br>&gt;<br>&gt; Christoph<br>&gt;<br>&gt; PS: This discussion started as a thread on astropy-dev (<br>&gt; <a href="https://groups.google.com/d/topic/astropy-dev/Zwgafam171E/discussion"
 target="_blank">https://groups.google.com/d/topic/astropy-dev/Zwgafam171E/discussion</a> ), but<br>&gt; it was suggested to also ask here.<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; AstroPy mailing list<br>&gt; <a href="mailto:AstroPy@scipy.org" ymailto="mailto:AstroPy@scipy.org">AstroPy@scipy.org</a><br>&gt; <a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/astropy" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/astropy</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; AstroPy mailing list<br>&gt; <a href="mailto:AstroPy@scipy.org" ymailto="mailto:AstroPy@scipy.org">AstroPy@scipy.org</a><br>&gt; <a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/astropy" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/astropy</a><br>&gt;<br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>