<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hello,<div>I am trying out reading VOTables using and am having trouble. &nbsp;Specifically reading tables returned by the Hubble Legacy Archive. &nbsp;The query was:</div><div><!--?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?-->

<span style="font-family: Arial; "><a href="http://hla.stsci.edu/cgi-bin/hlaSIAP.cgi?inst=ACS&amp;pos=11.888333,-25.288056&amp;size=0.001389">http://hla.stsci.edu/cgi-bin/hlaSIAP.cgi?inst=ACS&amp;pos=11.888333,-25.288056&amp;size=0.001389</a></span></div><div><span style="font-family: Arial; ">which I attached.</span></div><div><span style="font-family: Arial; "><br></span></div><div><font face="Arial">I am using astropy installed by pip on the enthought distribution on a mac, so its version 0.2 and numpy got upgraded to 1.7.0 (if that matters).</font></div><div><font face="Arial">First, is there a way to have a votable imported directly from query without saving it&nbsp;to a&nbsp; physical file first? &nbsp;Maybe its best practice to save VO queries to a file to trace errors, in case the votable is very large, etc. but when you know you are getting something back that is small and (as in this case) you mainly want a list of fields for further work, saving the full votable seams like an unnecessary extra step.</font></div><div><font face="Arial"><br></font></div><div><font face="Arial">The errors I am getting are below. &nbsp;I got similar errors when using a different votable call I found on the HLA website (basically the same except using acsSIAP.cgi?strict=1</font></div><div><font face="Arial">Is this a&nbsp;problem&nbsp;with the&nbsp;Votable&nbsp;being returned by stsci, a&nbsp;bug or am I doing something wrong?</font></div><div><font face="Arial"><br></font></div><div><font face="Arial">Thanks,</font></div><div><font face="Arial">Andy Ptak</font></div><div><font face="Arial"><br></font></div><div><font face="Arial"><br></font></div><div><font face="Arial"><br></font></div><div><font face="Arial"><div>In [4]: from astropy.io.votable import parse</div><div>In [6]: votable = parse("test1.xml")</div><div>WARNING: W42: test1.xml:3:0: W42: No XML namespace specified [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W03: test1.xml:7:4: W03: Implictly generating an ID from a name 'INPUT:POS' -&gt; 'INPUT_POS' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W03: test1.xml:8:4: W03: Implictly generating an ID from a name 'INPUT:SIZE' -&gt; 'INPUT_SIZE' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W03: test1.xml:9:4: W03: Implictly generating an ID from a name 'INPUT:FORMAT' -&gt; 'INPUT_FORMAT' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W03: test1.xml:10:4: W03: Implictly generating an ID from a name 'INPUT:imagetype' -&gt; 'INPUT_imagetype' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W03: test1.xml:11:4: W03: Implictly generating an ID from a name 'INPUT:inst' -&gt; 'INPUT_inst' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W03: test1.xml:12:4: W03: Implictly generating an ID from a name 'INPUT:hrcmatch' -&gt; 'INPUT_hrcmatch' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W03: test1.xml:13:4: W03: Implictly generating an ID from a name 'INPUT:zoom' -&gt; 'INPUT_zoom' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W03: test1.xml:14:4: W03: Implictly generating an ID from a name 'INPUT:autoscale' -&gt; 'INPUT_autoscale' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W03: test1.xml:15:4: W03: Implictly generating an ID from a name 'INPUT:asinh' -&gt; 'INPUT_asinh' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W06: test1.xml:16:4: W06: Invalid UCD 'VOX:STC_CoordRefFrame': UCD has invalid character ':' in 'VOX:STC_CoordRefFrame' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W06: test1.xml:17:4: W06: Invalid UCD 'VOX:WCS_CoordProjection': UCD has invalid character ':' in 'VOX:WCS_CoordProjection' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W06: test1.xml:19:6: W06: Invalid UCD 'VOX:Image_AccessReference': UCD has invalid character ':' in 'VOX:Image_AccessReference' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W06: test1.xml:82:6: W06: Invalid UCD 'VOX:Image_Format': UCD has invalid character ':' in 'VOX:Image_Format' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W06: test1.xml:91:6: W06: Invalid UCD 'VOX:Image_Title': UCD has invalid character ':' in 'VOX:Image_Title' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W06: test1.xml:94:6: W06: Invalid UCD 'VOX:Image_Naxis': UCD has invalid character ':' in 'VOX:Image_Naxis' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W06: test1.xml:97:6: W06: Invalid UCD 'VOX:Image_Scale': UCD has invalid character ':' in 'VOX:Image_Scale' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W06: test1.xml:100:6: W06: Invalid UCD 'VOX:Image_Naxes': UCD has invalid character ':' in 'VOX:Image_Naxes' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W06: test1.xml:103:6: W06: Invalid UCD 'VOX:WCS_CoordRefPixel': UCD has invalid character ':' in 'VOX:WCS_CoordRefPixel' [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>WARNING: W06: test1.xml:106:6: W06: Invalid UCD 'VOX:WCS_CoordRefValue': UCD has invalid character ':' in 'VOX:WCS_CoordRefValue' (suppressing further warnings of this type...) [astropy.io.votable.exceptions]</div><div>ERROR: OverflowError: Python int too large to convert to C long [numpy.ma.core]</div><div>---------------------------------------------------------------------------</div><div>OverflowError &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Traceback (most recent call last)</div><div>/Volumes/Apps_and_Docs/aptak/Dropbox/HLA/&lt;ipython-input-6-61a1dc44cf49&gt; in &lt;module&gt;()</div><div>----&gt; 1 votable = parse("test1.xml")</div><div><br></div><div>/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/astropy/io/votable/table.pyc in parse(source, columns, invalid, pedantic, chunk_size, table_number, table_id, filename, _debug_python_based_parser)</div><div>&nbsp; &nbsp; 114 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _debug_python_based_parser=_debug_python_based_parser) as iterator:</div><div>&nbsp; &nbsp; 115 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; return tree.VOTableFile(</div><div>--&gt; 116 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; config=config, pos=(1, 1)).parse(iterator, config)</div><div>&nbsp; &nbsp; 117&nbsp;</div><div>&nbsp; &nbsp; 118&nbsp;</div><div><br></div><div>/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/astropy/io/votable/tree.pyc in parse(self, iterator, config)</div><div>&nbsp; &nbsp;3084 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; if start:</div><div>&nbsp; &nbsp;3085 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; tag_mapping.get(tag, self._add_unknown_tag)(</div><div>-&gt; 3086 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; iterator, tag, data, config, pos)</div><div>&nbsp; &nbsp;3087 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; elif tag == 'DESCRIPTION':</div><div>&nbsp; &nbsp;3088 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; if self.description is not None:</div><div><br></div><div>/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/astropy/io/votable/tree.pyc in _add_resource(self, iterator, tag, data, config, pos)</div><div>&nbsp; &nbsp;3015 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; resource = Resource(config=config, pos=pos, **data)</div><div>&nbsp; &nbsp;3016 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; self.resources.append(resource)</div><div>-&gt; 3017 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; resource.parse(self, iterator, config)</div><div>&nbsp; &nbsp;3018&nbsp;</div><div>&nbsp; &nbsp;3019 &nbsp; &nbsp; def _add_coosys(self, iterator, tag, data, config, pos):</div><div><br></div><div>/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/astropy/io/votable/tree.pyc in parse(self, votable, iterator, config)</div><div>&nbsp; &nbsp;2871 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; if start:</div><div>&nbsp; &nbsp;2872 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; tag_mapping.get(tag, self._add_unknown_tag)(</div><div>-&gt; 2873 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; iterator, tag, data, config, pos)</div><div>&nbsp; &nbsp;2874 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; elif tag == 'DESCRIPTION':</div><div>&nbsp; &nbsp;2875 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; if self.description is not None:</div><div><br></div><div>/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/astropy/io/votable/tree.pyc in _add_table(self, iterator, tag, data, config, pos)</div><div>&nbsp; &nbsp;2828 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; table = Table(self._votable, config=config, pos=pos, **data)</div><div>&nbsp; &nbsp;2829 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; self.tables.append(table)</div><div>-&gt; 2830 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; table.parse(iterator, config)</div><div>&nbsp; &nbsp;2831&nbsp;</div><div>&nbsp; &nbsp;2832 &nbsp; &nbsp; def _add_info(self, iterator, tag, data, config, pos):</div><div><br></div><div>/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/astropy/io/votable/tree.pyc in parse(self, iterator, config)</div><div>&nbsp; &nbsp;2212 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 'TABLEDATA', data.iterkeys(), config, pos)</div><div>&nbsp; &nbsp;2213 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; self.array = self._parse_tabledata(</div><div>-&gt; 2214 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; iterator, colnumbers, fields, config)</div><div>&nbsp; &nbsp;2215 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; break</div><div>&nbsp; &nbsp;2216 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; elif tag == 'BINARY':</div><div><br></div><div>/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/astropy/io/votable/tree.pyc in _parse_tabledata(self, iterator, colnumbers, fields, config)</div><div>&nbsp; &nbsp;2357&nbsp;</div><div>&nbsp; &nbsp;2358 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; array = _resize(array, alloc_rows)</div><div>-&gt; 2359 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; array[numrows:] = array_chunk</div><div>&nbsp; &nbsp;2360 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; if alloc_rows != 0:</div><div>&nbsp; &nbsp;2361 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; array.mask[numrows:] = mask_chunk</div><div><br></div><div>/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/ma/core.pyc in __setslice__(self, i, j, value)</div><div>&nbsp; &nbsp;3067&nbsp;</div><div>&nbsp; &nbsp;3068 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; """</div><div>-&gt; 3069 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; self.__setitem__(slice(i, j), value)</div><div>&nbsp; &nbsp;3070&nbsp;</div><div>&nbsp; &nbsp;3071&nbsp;</div><div><br></div><div>/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/ma/core.pyc in __setitem__(self, indx, value)</div><div>&nbsp; &nbsp;3031 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _mask = ndarray.__getattribute__(self, '_mask')</div><div>&nbsp; &nbsp;3032 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; # Set the data, then the mask</div><div><br></div><div>-&gt; 3033 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ndarray.__setitem__(_data, indx, dval)</div><div>&nbsp; &nbsp;3034 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ndarray.__setitem__(_mask, indx, mval)</div><div>&nbsp; &nbsp;3035 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; elif hasattr(indx, 'dtype') and (indx.dtype == MaskType):</div><div><br></div><div>OverflowError: Python int too large to convert to C long</div><div></div></font></div></body></html>