<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Oct 18, 2009 at 1:19 AM, Brian Granger <span dir="ltr">&lt;<a href="http://ellisonbg.net">ellisonbg.net</a>@<a href="http://gmail.com">gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br><div class="gmail_quote"><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="gmail_quote"><div>This is my first question to you :) It just stops after issuing all those Deprecation warnings. I can&#39;t drop back into Bash either let alone Python or IPython. It doesn&#39;t give any error message even. I insert a few enters but this is no-avail either. <br>


</div></div></blockquote></div><div><br><br>Ahh, I think I understand the confusion.  ipcluster starts a server and *doesn&#39;t return* (it is iterating in a select/poll loop).  You have to start ipcluster in one terminal window and then open another terminal window and run ipython.  By using IPython.kernel.client.MultiEngine or TaskClient you then connect to the server that is running and run you job.<br>

<br>Can you give that a shot?<br><font color="#888888"><br>Brian<br> <br></font></div></div></blockquote><div><br>Still no success :(<br><br>Here is what I do:<br><br>from IPython.kernel.client import TaskClient<br>from subprocess import call<br>
<br>def process(file):<br>    call([&#39;postprocessing_saudi&#39;, file])<br><br>files = [&#39;/home/gsever/Desktop/test/20090317_131342/PostProcessing/09_03_17_13_13_42.sea&#39;,<br> &#39;/home/gsever/Desktop/test/20090318_075533/PostProcessing/09_03_18_07_55_33.sea&#39;,<br>
 &#39;/home/gsever/Desktop/test/20090319_110816/PostProcessing/09_03_19_11_08_16.sea&#39;,<br> &#39;/home/gsever/Desktop/test/20090320_064651/PostProcessing/09_03_20_06_46_51.sea&#39;]<br><br>if __name__ == &#39;__main__&#39;:<br>
    tc = TaskClient()<br>    tc.map(process, files)<br><br><br>Should I return something from the process function and why it is complaining about &quot;NameError: global name &#39;call&#39; is not defined&quot; I am already importing the call on top. <br>
<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="gmail_quote"><div><font color="#888888"></font></div><div><div></div>
<div class="h5"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="gmail_quote"><div> </div>
<div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="gmail_quote"><div> </div><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


<div class="gmail_quote">
<div>Doing &quot;ps -aux | grep ip&quot; yields <br><br>gsever   15467  0.7  0.3  20700 14264 pts/2    S+   00:02   0:00 /usr/bin/python /usr/bin/ipcluster local -n 4<br>gsever   15468  1.1  0.5  40424 23544 pts/2    S+   00:02   0:00 /usr/bin/python /usr/bin/ipcontroller --logfile=/home/gsever/.ipython/log/ipcontroller<br>




gsever   15469  1.1  0.4  36980 20332 pts/2    S+   00:02   0:00 /usr/bin/python /usr/bin/ipengine --logfile=/home/gsever/.ipython/log/ipengine15468-<br>gsever   15470  1.1  0.5  37396 20668 pts/2    S+   00:02   0:00 /usr/bin/python /usr/bin/ipengine --logfile=/home/gsever/.ipython/log/ipengine15468-<br>




gsever   15471  0.9  0.4  37064 20392 pts/2    S+   00:02   0:00 /usr/bin/python /usr/bin/ipengine --logfile=/home/gsever/.ipython/log/ipengine15468-<br>gsever   15472  1.2  0.4  36976 20328 pts/2    S+   00:02   0:00 /usr/bin/python /usr/bin/ipengine --logfile=/home/gsever/.ipython/log/ipengine15468-<br>




<br>and system monitor shows this tasks as sleeping. See the screenshot : <a href="http://img148.imageshack.us/img148/6240/screenshotsystemmonitor.png" target="_blank">http://img148.imageshack.us/img148/6240/screenshotsystemmonitor.png</a><br>




<br></div></div></blockquote></div><div><br>It could show up as sleeping and still be working.  <br></div></div></blockquote></div><div><br>They might be working, but they are not letting me give them extra work :)<br> </div>

<div><div></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="gmail_quote"><div><font color="#888888"><br>Brian<br> </font></div><div><div></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">



<div class="gmail_quote"><div>I hope this is not another Fedora 11 related bug. <br> </div><div><div></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">



<div class="gmail_quote"><div>
Cheeers,<br><font color="#888888"><br>Brian<br> </font></div><div><div></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div class="gmail_quote"><div><br>I[1]: from IPython.kernel.client import MultiEngineClient<div><br>
/usr/lib/python2.6/site-packages/Twisted-8.2.0-py2.6-linux-i686.egg/twisted/python/filepath.py:12: DeprecationWarning: the sha module is deprecated; use the hashlib module instead<br>  import sha<br>/usr/lib/python2.6/site-packages/foolscap-0.4.2-py2.6.egg/foolscap/banana.py:2: DeprecationWarning: the sets module is deprecated<br>






<br></div>I[2]: mec = MultiEngineClient()<br><br>---------------------------------------------------------------------------<br>ConnectionRefusedError                    Traceback (most recent call last)<br><br>/home/gsever/Desktop/&lt;ipython console&gt; in &lt;module&gt;()<br>






<br>/home/gsever/Desktop/python-repo/ipython/IPython/kernel/client.pyc in get_multiengine_client(furl_or_file)<br>     67     &quot;&quot;&quot;<br>     68     client = blockingCallFromThread(_client_tub.get_multiengine_client, <br>






---&gt; 69         furl_or_file)<br>     70     return client.adapt_to_blocking_client()<br>     71 <br><br>/home/gsever/Desktop/python-repo/ipython/IPython/kernel/twistedutil.pyc in blockingCallFromThread(f, *a, **kw)<br>






     70         @raise: any error raised during the callback chain.<br>     71         &quot;&quot;&quot;<br>---&gt; 72         return twisted.internet.threads.blockingCallFromThread(reactor, f, *a, **kw)<br>     73 <br>





     74 else:<br>
<br>/usr/lib/python2.6/site-packages/Twisted-8.2.0-py2.6-linux-i686.egg/twisted/internet/threads.pyc in blockingCallFromThread(reactor, f, *a, **kw)<br>    112     result = queue.get()<br>    113     if isinstance(result, failure.Failure):<br>






--&gt; 114         result.raiseException()<br>    115     return result<br>    116 <br><br>/usr/lib/python2.6/site-packages/Twisted-8.2.0-py2.6-linux-i686.egg/twisted/python/failure.pyc in raiseException(self)<br>    324         information if available.<br>






    325         &quot;&quot;&quot;<br>--&gt; 326         raise self.type, self.value, self.tb<br>    327 <br>    328 <br><br>ConnectionRefusedError: Connection was refused by other side: 111: Connection refused.<br><br><br>






I had installed Twisted and other parallel computing requirements following the instructions that were listed on the documentation pages.<br><br> </div><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">






mec.get_ids()<br><br>It may all be working...all you see are deprecation warnings related to Python 2.6.<br><br>One more word.  The parallel computing stuff is not working in trunk right now (I am fixing it),<br>
so please stick with 0.10.<br></blockquote></div><div><br>I was bitten by the trunk a few times. For over a month I am using the downgraded (0.10) version :)<br> </div><div><div></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">






<br>Cheers,<br><br>Brian<br><br><div class="gmail_quote"><div><div></div><div>On Sat, Oct 17, 2009 at 5:41 PM, Gökhan Sever <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gokhansever@gmail.com" target="_blank">gokhansever@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>







</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div>Hello,<br><br>I want to experiment IPython&#39;s parallel computing functionality. This far I couldn&#39;t progress much because ipcluster instantiation stalls giving the following messages without dropping me into the main IPython shell. <br>









<br>My intention is parallelise a small Python script that calls an external set of scripts that process the dataset I have in-hand. It is not a huge computing power demanding task but in my Intel 2.5Ghz Dual Core 2 it takes about 1.5 hours to process the whole dataset. Looking at the system monitor I see that the workload is not equally distributed in between CPUs (one of them usually much lazier than the other.) I am sure parallezing the code run would boost the processing speed. In my dataset I have 17 folders and each folder is independent from each other. My script visits each folder and calls the main external script via subprocess module&#39;s call function. Processing starts with the first folder, and doesn&#39;t work on the next folder unless the processing finishes with the previous folder. Basically, what I really want is to put externally called scripts into separate threads, so that I don&#39;t need to wait the previous job to be done during the processing process.<br>









<br>From the IPython parallel computing documentation, it seems like what I want is doable in IPython. However I need some advice whether my understanding is correct in this aspect. Also for the solution of the below warning messages. <br>









<br>Thanks.<br><br><br>[gsever@ccn Desktop]$  ipcluster local -n 4<br>/usr/lib/python2.6/site-packages/Twisted-8.2.0-py2.6-linux-i686.egg/twisted/python/filepath.py:12: DeprecationWarning: the sha module is deprecated; use the hashlib module instead<br>









  import sha<br>/usr/lib/python2.6/site-packages/foolscap-0.4.2-py2.6.egg/foolscap/banana.py:2: DeprecationWarning: the sets module is deprecated<br>2009-10-17 18:59:37-0500 [-] Log opened.<br>2009-10-17 18:59:37-0500 [-] Process [&#39;ipcontroller&#39;, &#39;--logfile=/home/gsever/.ipython/log/ipcontroller&#39;] has started with pid=11066<br>









2009-10-17 18:59:37-0500 [-] Waiting for controller to finish starting...<br>2009-10-17 18:59:38-0500 [-] &#39;/usr/lib/python2.6/site-packages/Twisted-8.2.0-py2.6-linux-i686.egg/twisted/python/filepath.py:12: DeprecationWarning: the sha module is deprecated; use the hashlib module instead\n  import sha\n&#39;<br>









2009-10-17 18:59:38-0500 [-] &#39;/usr/lib/python2.6/site-packages/foolscap-0.4.2-py2.6.egg/foolscap/banana.py:2: DeprecationWarning: the sets module is deprecated\n&#39;<br>2009-10-17 18:59:39-0500 [-] Controller started<br>









2009-10-17 18:59:39-0500 [-] Process [&#39;ipengine&#39;, &#39;--logfile=/home/gsever/.ipython/log/ipengine11066-&#39;] has started with pid=11067<br>2009-10-17 18:59:39-0500 [-] Process [&#39;ipengine&#39;, &#39;--logfile=/home/gsever/.ipython/log/ipengine11066-&#39;] has started with pid=11068<br>









2009-10-17 18:59:39-0500 [-] Process [&#39;ipengine&#39;, &#39;--logfile=/home/gsever/.ipython/log/ipengine11066-&#39;] has started with pid=11069<br>2009-10-17 18:59:39-0500 [-] Process [&#39;ipengine&#39;, &#39;--logfile=/home/gsever/.ipython/log/ipengine11066-&#39;] has started with pid=11070<br>









2009-10-17 18:59:39-0500 [-] Engines started with pids: [11067, 11068, 11069, 11070]<br>2009-10-17 18:59:39-0500 [-] &#39;/usr/lib/python2.6/site-packages/Twisted-8.2.0-py2.6-linux-i686.egg/twisted/python/filepath.py:12: DeprecationWarning: the sha module is deprecated; use the hashlib module instead\n  import sha\n&#39;<br>









2009-10-17 18:59:39-0500 [-] &#39;/usr/lib/python2.6/site-packages/Twisted-8.2.0-py2.6-linux-i686.egg/twisted/python/filepath.py:12: DeprecationWarning: the sha module is deprecated; use the hashlib module instead\n  import sha\n&#39;<br>









2009-10-17 18:59:39-0500 [-] &#39;/usr/lib/python2.6/site-packages/foolscap-0.4.2-py2.6.egg/foolscap/banana.py:2: DeprecationWarning: the sets module is deprecated\n&#39;<br>2009-10-17 18:59:40-0500 [-] &#39;/usr/lib/python2.6/site-packages/foolscap-0.4.2-py2.6.egg/foolscap/banana.py:2: DeprecationWarning: the sets module is deprecated\n&#39;<br>









2009-10-17 18:59:40-0500 [-] &#39;/usr/lib/python2.6/site-packages/Twisted-8.2.0-py2.6-linux-i686.egg/twisted/python/filepath.py:12: DeprecationWarning: the sha module is deprecated; use the hashlib module instead\n  import sha\n&#39;<br>









2009-10-17 18:59:40-0500 [-] &#39;/usr/lib/python2.6/site-packages/Twisted-8.2.0-py2.6-linux-i686.egg/twisted/python/filepath.py:12: DeprecationWarning: the sha module is deprecated; use the hashlib module instead\n  import sha\n&#39;<br>









2009-10-17 18:59:40-0500 [-] &#39;/usr/lib/python2.6/site-packages/foolscap-0.4.2-py2.6.egg/foolscap/banana.py:2: DeprecationWarning: the sets module is deprecated\n&#39;<br>2009-10-17 18:59:40-0500 [-] &#39;/usr/lib/python2.6/site-packages/foolscap-0.4.2-py2.6.egg/foolscap/banana.py:2: DeprecationWarning: the sets module is deprecated\n&#39;<br>









<br clear="all"><br>Here is my system info:<br>================================================================================<br>Platform     : Linux-2.6.29.6-217.2.3.fc11.i686.PAE-i686-with-fedora-11-Leonidas<br>Python       : (&#39;CPython&#39;, &#39;tags/r26&#39;, &#39;66714&#39;)<br>









IPython      : 0.10<br>NumPy      : 1.4.0.dev<br>================================================================================<br><br>-- <br><font color="#888888">Gökhan<br>
</font><br></div></div>_______________________________________________<br>
IPython-user mailing list<br>
<a href="mailto:IPython-user@scipy.org" target="_blank">IPython-user@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/ipython-user" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/ipython-user</a><br>
<br></blockquote></div><br>
</blockquote></div></div></div><br><br clear="all"><br>-- <br><font color="#888888">Gökhan<br>
</font></blockquote></div></div></div><br>
</blockquote></div></div></div><br><br clear="all"><br>-- <br><font color="#888888">Gökhan<br>
</font></blockquote></div></div></div><br>
</blockquote></div></div></div><br><br clear="all"><br>-- <br><font color="#888888">Gökhan<br>
</font></blockquote></div></div></div><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Gökhan<br>