<br>Hi MMTKers and NUMPYers,<br><br>Bill's answer to my inquiry about the problem I'm having with Collection.findTransformation() (and also, incidentally, with the dgesvd call in Subspace.getBasis(), has convinced me that I can no long use MMTK without changing some of the code over to numpy.&nbsp; I have already been able to determine that invoking 
numpy.oldnumeric.alter_code1.convertall() over the MMTK directory tree is not the answer.&nbsp; Has anyone on either of these lists ever tried this before and, if so, can it be done (without destroying my sanity)?<br><br>Cheers,
<br><br>Seth<br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/19/06, <b class="gmail_sendername">Dr. Seth Olsen</b> &lt;<a href="mailto:seth.olsen@gmail.com">seth.olsen@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><br>Hi Bill,<br><br>MMTK has not made the conversion over to the new numpy module.&nbsp; It is built against the old Numeric code, and the word from its developers is that changing to numpy cannot be a priority now.<br><br>
Cheers,
<br></div><div><span class="sg"><br>Seth</span></div><div><span class="e" id="q_10dc3d2e1cdf8f01_2"><br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/19/06, <b class="gmail_sendername">Bill Baxter</b> &lt;<a href="mailto:wbaxter@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
wbaxter@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hey there,<br>I don't see anything called &quot;LinearAlgegra.eigenvectors()&quot;.&nbsp;&nbsp;Do you<br>maybe mean numpy.linalg.eig?<br>Which version of numpy are you using?<br>The latest release is 1.0b5.<br><br>&gt;&gt;&gt; import numpy
<br>&gt;&gt;&gt; numpy.__version__<br>'1.0b5'<br><br>&gt;&gt;&gt; numpy.linalg.eig([[2,1],[1,2]])<br>(array([ 3.,&nbsp;&nbsp;1.]),<br> array([[ 0.70710678, -0.70710678],<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; [ 0.70710678,&nbsp;&nbsp;0.70710678]]))<br><br>I'm on WindowsXP, though.
<br>Regards,<br>Bill<br><br>On 9/19/06, Dr. Seth Olsen &lt;<a href="mailto:seth.olsen@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">seth.olsen@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt; Hi Numpyers,
<br>&gt;<br>&gt; I recently sent the message below to the MMTK mailing list, but it's really
<br>&gt; a problem with LinearAlgebra.py.&nbsp;&nbsp;The routine LinearAlgebra.eigenvectors()<br>&gt; never stops, even when I try to diagonalize a very simple 2x2 matrix.&nbsp;&nbsp;I've<br>&gt; tried this on two machines with completely standard FC4 and FC5
<br>&gt; installations using the default libraries and atlas libraries downloaded and<br>&gt; installed via yum.&nbsp;&nbsp;Does anyone on this list have any experience with this<br>&gt; problem?<br>&gt;<br>&gt; Cheers,<br>&gt;<br>

&gt; Seth<br>&gt;<br>&gt; ---------- Forwarded message ----------<br>&gt; From: Dr. Seth Olsen &lt;<a href="mailto:seth.olsen@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">seth.olsen@gmail.com
</a> &gt;<br>&gt; Date: Sep 19, 2006 10:38 AM<br>&gt; Subject: Re: 
Collection.findTransformation() never stops<br>&gt; To: <a href="mailto:mmtk@python.net" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">mmtk@python.net</a>, <a href="mailto:mmtk@starship.python.net" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
mmtk@starship.python.net</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Hi MMTKers,<br>&gt;
<br>&gt; The problem with Collection.findTransformation() that I reported earlier is<br>&gt; due to a problem with LinearAlgebra.eigenvectors().&nbsp;&nbsp;This algortithm does<br>&gt; not seem to stop - it can't even manage to find the eigenvectors of the 2x2
<br>&gt; square matrix [[2,1],[1,2]].&nbsp;&nbsp;Asking for this causes a long wait followed by<br>&gt; CPU overheat warnings.&nbsp;&nbsp;Moreover, I have recompiled Numeric23.8 with newly<br>&gt; installed atlas libraries, but it still won't work.&nbsp;&nbsp;I have had this problem
<br>&gt; now on 2 machines (one running FC4 with , the other FC5, both pentium 4<br>&gt; machines), with atlas lapack/blas libraries installed freshly via yum and<br>&gt; linked as per the recommendations found in setup.py

.&nbsp;&nbsp;THE FEDORA<br>&gt; INSTALLATIONS ON BOTH MACHINES IS STANDARD - everything has been downloaded<br>&gt; and installed via the fedora yum repositories.<br>&gt;<br>&gt; As the eigenvectors() routine in LinearAlgebra.py is obviously going to be a
<br>&gt; heavily used algorithm (not just in MMTK), is it really possible that no one<br>&gt; has had this problem before?<br>&gt;<br>&gt; Cheers,<br>&gt;<br>&gt; Seth<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;On 9/18/06, Dr. Seth Olsen &lt;
<a href="mailto:seth.olsen@gmail.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">seth.olsen@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hi MMTKers,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I'm having a bit of trouble with
<br>&gt; MMTK.Collection.findTransformation
.&nbsp;&nbsp;When I use this member<br>&gt; function, the computer never stops thinking until I kill the process.&nbsp;&nbsp;I've<br>&gt; waited a couple of hours and still nothing.&nbsp;&nbsp;I get the same thing if I try<br>&gt; to take a step back and use
<br>&gt; Collection.findTransformationAsQuaternion.&nbsp;&nbsp;Has anyone had<br>&gt; this problem before?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Cheers,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Seth<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt;<br>&gt; ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms
<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Dr Seth Olsen, PhD<br>&gt; &gt; Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group<br>&gt; &gt; Centre for Computational Molecular Science<br>&gt; &gt; Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)
<br>&gt; &gt; The University of Queensland<br>&gt; &gt; Qld 4072, Brisbane, Australia<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; tel (617) 3346 3976<br>&gt; &gt; fax (617) 33654623<br>&gt; &gt; email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
s.olsen1@uq.edu.au
</a><br>&gt; &gt; Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">www.ccms.uq.edu.au</a><br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms
<br>&gt; &gt; The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of
<br>&gt; the University of Queensland.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br>&gt;<br>&gt; Dr Seth Olsen, PhD<br>&gt; Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group
<br>&gt; Centre for Computational Molecular Science<br>&gt; Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)<br>&gt; The University of Queensland<br>&gt; Qld 4072, Brisbane, Australia<br>&gt;<br>&gt; tel (617) 3346 3976
<br>&gt; fax (617) 33654623<br>&gt; email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">s.olsen1@uq.edu.au</a><br>&gt; Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
www.ccms.uq.edu.au</a><br>&gt;<br>&gt; ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms
<br>&gt; The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of<br>&gt; the University of Queensland.<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br>&gt;
<br>&gt; Dr Seth Olsen, PhD<br>&gt; Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group<br>&gt; Centre for Computational Molecular Science<br>&gt; Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)<br>&gt; The University of Queensland
<br>&gt; Qld 4072, Brisbane, Australia<br>&gt;<br>&gt; tel (617) 3346 3976<br>&gt; fax (617) 33654623<br>&gt; email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
s.olsen1@uq.edu.au</a><br>&gt; Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
www.ccms.uq.edu.au</a><br>&gt;<br>&gt; ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br>&gt; The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of<br>&gt; the University of Queensland.
<br>&gt; -------------------------------------------------------------------------<br>&gt; Take Surveys. Earn Cash. Influence the Future of IT<br>&gt; Join SourceForge.net's Techsay panel and you'll get the chance to share your
<br>&gt; opinions on IT &amp; business topics through brief surveys -- and earn cash<br>&gt; <a href="http://www.techsay.com/default.php?page=join.php&amp;p=sourceforge&amp;CID=DEVDEV" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.techsay.com/default.php?page=join.php&amp;p=sourceforge&amp;CID=DEVDEV
</a><br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Numpy-discussion mailing list<br>&gt; <a href="mailto:Numpy-discussion@lists.sourceforge.net" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
Numpy-discussion@lists.sourceforge.net</a><br>&gt; 
<a href="https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/numpy-discussion" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/numpy-discussion</a><br>&gt;<br>
&gt;<br>&gt;<br><br>-------------------------------------------------------------------------
<br>Take Surveys. Earn Cash. Influence the Future of IT<br>Join SourceForge.net's Techsay panel and you'll get the chance to share your<br>opinions on IT &amp; business topics through brief surveys -- and earn cash<br><a href="http://www.techsay.com/default.php?page=join.php&amp;p=sourceforge&amp;CID=DEVDEV" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">

http://www.techsay.com/default.php?page=join.php&amp;p=sourceforge&amp;CID=DEVDEV</a><br>_______________________________________________<br>Numpy-discussion mailing list<br><a href="mailto:Numpy-discussion@lists.sourceforge.net" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">

Numpy-discussion@lists.sourceforge.net</a><br><a href="https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/numpy-discussion" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/numpy-discussion
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">
<br></span></div><div>-- </div><div><span class="e" id="q_10dc3d2e1cdf8f01_4"><br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br><br>Dr Seth Olsen, PhD<br>Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group
<br>Centre for Computational Molecular Science<br>Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)
<br>The University of Queensland<br>Qld 4072, Brisbane, Australia<br><br>tel (617) 3346 3976<br>fax (617) 33654623<br>email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
s.olsen1@uq.edu.au</a><br>Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
www.ccms.uq.edu.au</a> <br><br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br>The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of the University of Queensland.

</span></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br><br>Dr Seth Olsen, PhD<br>Postdoctoral Fellow, Biomolecular Modeling Group<br>Centre for Computational Molecular Science
<br>Australian Institute for Bioengineering and Nanotechnology (Bldg. 75)<br>The University of Queensland<br>Qld 4072, Brisbane, Australia<br><br>tel (617) 3346 3976<br>fax (617) 33654623<br>email: <a href="mailto:s.olsen1@uq.edu.au">
s.olsen1@uq.edu.au</a><br>Web: <a href="http://www.ccms.uq.edu.au">www.ccms.uq.edu.au</a> <br><br>ccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccmsccms<br>The opinions expressed here are my own and do not reflect the positions of the University of Queensland.