I&#39;m no expert, but I just pulled off the scipy+numpy+GotoBLAS2 installation. From what I gather, the Makefile for libgoto2 downloads and compiles the generic lapack from netlib. It also wraps lapack into <a href="http://libgoto2.so/.a">libgoto2.so/.a</a>. I believe the idea is as long as the BLAS implementation is fast(TM), the lapack performance will be good.<br>
<br>To wit*, what I did was to tell numpy where libgoto2 was:<br>env BLAS=/path/to/libgoto2.so python setup.py install<br>Scipy also wants the path to lapack, which is wrapped inside libgoto2:<br>env BLAS=/path/to/libgoto2.so LAPACK=/path/to/libgoto2.so python setup.py install<br>
Afterwards, I added the path to LD_LIBRARY_PATH. This was on a linux cluster, if that matters. At any rate, I can testify that it was not a big job to get numpy and scipy working with goto blas.<br><br>Good luck,<br>Paul.<br>
<br>*) I have notes on this on a different computer, but not available right now.<br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 22, 2011 at 10:13 AM, Giuseppe Aprea <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:giuseppe.aprea@gmail.com">giuseppe.aprea@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi all,<div><br></div><div>I wonder if Peter finally got Gotoblas working with numpy. I am trying with gotoblas 1.13 installed in the same way:</div>
<div><br></div><div><div>$ ls -R</div><div>.:</div><div>include  lib</div>
<div><br></div><div>./include:</div><div>goto</div><div><br></div><div>./include/goto:</div><div>blaswrap.h  cblas.h  clapack.h  f2c.h</div><div><br></div><div>./lib:</div><div>libgoto2.a  libgoto2_nehalemp-r1.13.a  <a href="http://libgoto2_nehalemp-r1.13.so" target="_blank">libgoto2_nehalemp-r1.13.so</a>  libgoto2.so</div>

</div><div><br></div><div>and numpy 1.5.1 with this site.cfg</div><div><br></div><div><div>[DEFAULT]</div><div>library_dirs = /usr/local/gcc/4.5.2/gcc/lib64:/usr/local/gcc/4.5.2/gcc/lib:/usr/local/gcc/4.5.2/gcc/lib32:/usr/local/gcc/4.5.2/gotoblas2/1.13/lib:/usr/local/gcc/4.5.2/suiteSparse/3.6.0/lib:/usr/local/gcc/4.5.2/fftw/3.2.2/lib</div>

<div>include_dirs = /usr/local/gcc/4.5.2/gcc/include:/usr/local/gcc/4.5.2/gotoblas2/1.13/include/goto:/usr/local/gcc/4.5.2/suiteSparse/3.6.0/include:/usr/local/gcc/4.5.2/fftw/3.2.2/include</div><div>search_static_first = 1</div>

<div>[blas_opt]</div><div>libraries = goto2</div><div>language = fortran</div><div>[lapack_opt]</div><div>libraries = goto2</div><div>language = fortran</div><div>[amd]</div><div>amd_libs = amd</div><div>[umfpack]</div><div>

umfpack_libs = umfpack</div><div>[fftw]</div><div>libraries = fftw3</div><div><br></div>(I also tried without &quot;_opt&quot; and &quot;language = fortran&quot;); I used goto2 for lapack because I read lapack should be included in libgoto (anyway things do not change using &quot;lapack&quot;). I am quite sure the system is not using my goto-lapack stuff since every time I buid i get:</div>

<div><br></div><div>building extension &quot;numpy.numarray._capi&quot; sources</div><div>building extension &quot;numpy.fft.fftpack_lite&quot; sources</div><div>building extension &quot;numpy.linalg.lapack_lite&quot; sources</div>

<div>creating build/src.linux-x86_64-2.7/numpy/linalg</div><div><b>### Warning:  Using unoptimized lapack ###</b></div><div><b>  adding &#39;numpy/linalg/lapack_litemodule.c&#39; to sources.</b></div><div>  adding &#39;numpy/linalg/python_xerbla.c&#39; to sources.</div>

<div>  adding &#39;numpy/linalg/zlapack_lite.c&#39; to sources.</div><div>  adding &#39;numpy/linalg/dlapack_lite.c&#39; to sources.</div><div>  adding &#39;numpy/linalg/blas_lite.c&#39; to sources.</div><div>  adding &#39;numpy/linalg/dlamch.c&#39; to sources.</div>

<div>  adding &#39;numpy/linalg/f2c_lite.c&#39; to sources.</div><div>building extension &quot;numpy.random.mtrand&quot; sources</div><div>creating build/src.linux-x86_64-2.7/numpy/random</div><div>C compiler: /usr/local/gcc/4.5.2//gcc/bin/gcc -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -O1 -pthread -fPIC -march=native -mtune=native -I/usr/local/gcc/4.5.2//gcc/include -I/usr/local/gcc/4.5.2//suiteSparse/3.6.0/include -I/usr/local/gcc/4.5.2//fftw/3.2.2/include -fPIC</div>

<div><br></div><div>during numpy installation (which ends successfully). Moreover I cannot see any -lgoto2 as I would have expected. </div><div>Incidentally, I cannot see -lamd, -lumfpack, -lfftw3 (or any reference to amd, umfpack, fftw3) neither, although there seems to be something to handle them in system_info.py. The failure is so complete that I must have done some big mistake but I can&#39;t correct my site.cfg even after searching the internet. This seems to be one of the major discussion about this topic so I am asking here for some help, please.</div>

<div>Is the problem related with site.cfg or with gotoblas2 installation? Is it true that gotoblas2 hosts a full lapack inside?</div><div><br></div><div>thank you very much!</div><div><br></div><font color="#888888"><div>
giuseppe</div>
</font><br>_______________________________________________<br>
NumPy-Discussion mailing list<br>
<a href="mailto:NumPy-Discussion@scipy.org">NumPy-Discussion@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
<br></blockquote></div><br>