<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jul 14, 2012 at 8:03 PM, Sturla Molden <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sturla@molden.no" target="_blank">sturla@molden.no</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Raph, do you mind testing again on your Mac?<br></div></blockquote><div><br>On my system all tests pass now.<br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    (I am suspecting another integer problem related to Windows 64...)<br>
    <br>
    Sturla<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    Den 14.07.2012 19:36, skrev Sturla Molden:
    <div><div class="h5"><blockquote type="cite">
      
      I have traced down the bug, it was related to an array being
      altered inplace instead of copied.<br>
      <br>
      I have also taken out two other bugs related to C long (and Python
      int) being 32 bit on Windows 64.<br>
      <br>
      I still get four fails on Win 64. They are there in Patrick&#39;s code
      as well, so they are related to his coding.<br>
      <br>
      An update is commited here:<br>
      <br>
      <a href="https://github.com/sturlamolden/scipy/blob/master/scipy/spatial/ckdtree.pyx" target="_blank">https://github.com/sturlamolden/scipy/blob/master/scipy/spatial/ckdtree.pyx</a><br>
      <br></blockquote></div></div></div></blockquote><div>Taken over in <a href="https://github.com/rgommers/scipy/tree/fixes-sturla">https://github.com/rgommers/scipy/tree/fixes-sturla</a><br><br>I know you may not have the time or interest to learn about git right now, but it may make both our lives easier if you try the below steps. It will allow you to put your commits on top of mine without any manual copying.<br>
<br>$ git remote add rgommers <a href="https://github.com/rgommers/scipy">https://github.com/rgommers/scipy</a><br>$ git fetch rgommers<br>$ git checkout -b fixes-sturla rgommers/fixes-sturla<br><br>Now your local copy of the code is up to date and in sync with mine; you can now make commits in this branch, preferably with a commit message that is somewhat more descriptive than &quot;update master&quot;.<br>
<br>Then to push them to github:<br>$ git push origin fixes-sturla<br><br>Cheers,<br>Ralf<br><br><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div><div class="h5"><blockquote type="cite">
      <br>
      Sturla<br>
      <br>
      <br>
      <br>
      D:\kd-tree\20120714-cKDTree&gt;python test.py<br>
..............................................................................................................................FFFF...<br>
======================================================================<br>
      FAIL: test.test_onetree_query_compiled(&lt;ckdtree.cKDTree object
      at 0x000000000583AE18&gt;, 0.1)<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
      Traceback (most recent call last):<br>
        File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\nose\case.py&quot;, line 197, in
      runTest<br>
          self.test(*self.arg)<br>
        File &quot;D:\kd-tree\20120714-cKDTree\test.py&quot;, line 570, in
      check_onetree_query<br>
          assert_(s == T.query_pairs(d))<br>
        File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\utils.py&quot;,
      line 34, in assert_<br>
          raise AssertionError(msg)<br>
      AssertionError<br>
      <br>
======================================================================<br>
      FAIL: test.test_onetree_query_compiled(&lt;ckdtree.cKDTree object
      at 0x000000000583AE18&gt;, 0.001)<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
      Traceback (most recent call last):<br>
        File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\nose\case.py&quot;, line 197, in
      runTest<br>
          self.test(*self.arg)<br>
        File &quot;D:\kd-tree\20120714-cKDTree\test.py&quot;, line 570, in
      check_onetree_query<br>
          assert_(s == T.query_pairs(d))<br>
        File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\utils.py&quot;,
      line 34, in assert_<br>
          raise AssertionError(msg)<br>
      AssertionError<br>
      <br>
======================================================================<br>
      FAIL: test.test_onetree_query_compiled(&lt;ckdtree.cKDTree object
      at 0x000000000583AE18&gt;, 1e-05)<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
      Traceback (most recent call last):<br>
        File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\nose\case.py&quot;, line 197, in
      runTest<br>
          self.test(*self.arg)<br>
        File &quot;D:\kd-tree\20120714-cKDTree\test.py&quot;, line 570, in
      check_onetree_query<br>
          assert_(s == T.query_pairs(d))<br>
        File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\utils.py&quot;,
      line 34, in assert_<br>
          raise AssertionError(msg)<br>
      AssertionError<br>
      <br>
======================================================================<br>
      FAIL: test.test_onetree_query_compiled(&lt;ckdtree.cKDTree object
      at 0x000000000583AE18&gt;, 1e-06)<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
      Traceback (most recent call last):<br>
        File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\nose\case.py&quot;, line 197, in
      runTest<br>
          self.test(*self.arg)<br>
        File &quot;D:\kd-tree\20120714-cKDTree\test.py&quot;, line 570, in
      check_onetree_query<br>
          assert_(s == T.query_pairs(d))<br>
        File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\utils.py&quot;,
      line 34, in assert_<br>
          raise AssertionError(msg)<br>
      AssertionError<br>
      <br>
----------------------------------------------------------------------<br>
      Ran 133 tests in 4.351s<br>
      <br>
      FAILED (failures=4)<br>
      <br>
      <br>
      <br>
      Den 14.07.2012 13:17, skrev Ralf Gommers:
      <blockquote type="cite"><br>
        <div class="gmail_quote">
          <div>I took your edits and committed them as a diff to
            Patricks last commit. Then I added a few style fixes: <a href="https://github.com/rgommers/scipy/tree/fixes-sturla" target="_blank">https://github.com/rgommers/scipy/tree/fixes-sturla</a>.
            The best way to get this in would be for Patrick to add
            these commits to his branch so they show up in his PR (after
            finding a bug, see below).<br>
            <br>
            I did some testing (python 2.6, 32-bit, OS X 10.6), I get
            one test failure with Sturla&#39;s edits. Patrick&#39;s branch given
            me no failures.<br>
            <br>
 ======================================================================<br>
            FAIL:
            test_kdtree.test_count_neighbors_compiled.test_multiple_radius<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
            Traceback (most recent call last):<br>
              File
            &quot;/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/nose-1.1.2-py2.6.egg/nose/case.py&quot;,

            line 197, in runTest<br>
                self.test(*self.arg)<br>
              File
            &quot;/Users/rgommers/Code/scipy/scipy/spatial/tests/test_kdtree.py&quot;,
            line 496, in test_multiple_radius<br>
                assert_equal(self.T1.count_neighbors(self.T2, r),
            result)<br>
              File &quot;/Users/rgommers/Code/numpy/numpy/testing/utils.py&quot;,
            line 313, in assert_equal<br>
                raise AssertionError(msg)<br>
            AssertionError: <br>
            Items are not equal:<br>
             ACTUAL: 6<br>
             DESIRED: 54<br>
            <br>
            The actual and desired numbers change due to random numbers
            without a seed being used, but it fails consistently. The
            missing seed is no real problem here, because the code
            simply does the same twice; it only tests if the &quot;r&quot; input
            to count_neighbors is correctly vectorized.<br>
            <br>
            Ralf<br>
            <br>
          </div>
        </div>
        <br>
        <fieldset></fieldset>
        <br>
        <pre>_______________________________________________
SciPy-Dev mailing list
<a href="mailto:SciPy-Dev@scipy.org" target="_blank">SciPy-Dev@scipy.org</a>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-dev" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-dev</a>
</pre>
      </blockquote>
      <br>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      <pre>_______________________________________________
SciPy-Dev mailing list
<a href="mailto:SciPy-Dev@scipy.org" target="_blank">SciPy-Dev@scipy.org</a>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-dev" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-dev</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>_______________________________________________<br>
SciPy-Dev mailing list<br>
<a href="mailto:SciPy-Dev@scipy.org">SciPy-Dev@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-dev" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-dev</a><br>
<br></blockquote></div><br>