[SciPy-User] scipy.stats.beta does not handle small parameters

John Reid j.reid@mail.cryst.bbk.ac...
Mon Apr 19 08:49:17 CDT 2010


I've been using scipy.stats.beta and I've noticed it returns NaN when 
the parameters are small. I've tried using the same parameters in R code 
and it handles them just fine. R also handles parameters up to 17 orders 
of magnitude smaller. Is there any documentation on which parameter 
ranges are acceptable? Can I expect similar results with other 
distributions? Should I file a bug report?

Here's the code I used:
import scipy.stats as S, numpy as N
from rpy2.robjects import r

alpha, beta = 0.0710, 0.4222
for i in xrange(20):
     x_from_scipy = S.beta.rvs(alpha, beta)
     x_from_R = r.rbeta(1, alpha, beta)
     print 'Alpha=%.2e; Beta=%.2e; scipy.stats.beta.rvs=%.2e; 
R.rbeta=%.2e' % (alpha, beta, x_from_scipy, x_from_R[0])
     alpha /= 10.
     beta /= 10.

and the output from it:
Alpha=7.10e-02; Beta=4.22e-01; scipy.stats.beta.rvs=2.75e-11; 
R.rbeta=6.60e-02
Alpha=7.10e-03; Beta=4.22e-02; scipy.stats.beta.rvs=3.73e-84; 
R.rbeta=4.50e-124
Alpha=7.10e-04; Beta=4.22e-03; scipy.stats.beta.rvs=1.00e+00; 
R.rbeta=1.00e+00
Alpha=7.10e-05; Beta=4.22e-04; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=3.95e-313
Alpha=7.10e-06; Beta=4.22e-05; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=1.00e+00
Alpha=7.10e-07; Beta=4.22e-06; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=3.95e-315
Alpha=7.10e-08; Beta=4.22e-07; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=3.95e-316
Alpha=7.10e-09; Beta=4.22e-08; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=3.95e-317
Alpha=7.10e-10; Beta=4.22e-09; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=3.95e-318
Alpha=7.10e-11; Beta=4.22e-10; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=3.95e-319
Alpha=7.10e-12; Beta=4.22e-11; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=3.95e-320
Alpha=7.10e-13; Beta=4.22e-12; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=3.95e-321
Alpha=7.10e-14; Beta=4.22e-13; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=3.95e-322
Alpha=7.10e-15; Beta=4.22e-14; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=1.00e+00
Alpha=7.10e-16; Beta=4.22e-15; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=1.00e+00
Alpha=7.10e-17; Beta=4.22e-16; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=0.00e+00
Alpha=7.10e-18; Beta=4.22e-17; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=1.00e+00
Alpha=7.10e-19; Beta=4.22e-18; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=0.00e+00
Alpha=7.10e-20; Beta=4.22e-19; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=0.00e+00
Alpha=7.10e-21; Beta=4.22e-20; scipy.stats.beta.rvs=nan; R.rbeta=0.00e+00



More information about the SciPy-User mailing list