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<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi again<br>
<br>
I now went through a full install of atlas, lapack, blas, numpy, scipy
again.<br>
I still have some failure in scipy (none in numpy except for the
umfpack which I haven't installed) you can find below.<br>
I also include the explicit <b>site.cfg </b>that I had to twiggle in
order for scipy to find atlas (no Environment variable or other way did
the work for some reason): it looks weird if I compare it to "advised"
site.cfg but this is the only option that recognised atlas properly.<br>
<br>
any help is welcome as always.<br>
thanks again<br>
Eric<br>
=======================<br>
below is a summary of:<br>
<br>
1/ the failure in scipy<br>
2/ my site.cfg used for building numpy and scipy<br>
<br>
***************************************************************************************************<br>
******** Output of scipy.test() = (starting with some failure due to
the lack of umfpack and then..):<br>
....................<br>
Warning: FAILURE importing tests for &lt;module
'scipy.linsolve.umfpack.umfpack' from
'...y/linsolve/umfpack/umfpack.pyc'&gt;<br>
/usr/local/lib/python2.4/site-packages/scipy/linsolve/umfpack/tests/test_umfpack.py:17:
AttributeError: 'module' object has no attribute 'umfpack' (in ?)<br>
................................<br>
Found 4 tests for scipy.io.recaster<br>
Warning: FAILURE importing tests for &lt;module
'scipy.linsolve.umfpack' from '.../linsolve/umfpack/__init__.pyc'&gt;<br>
/usr/local/lib/python2.4/site-packages/scipy/linsolve/umfpack/tests/test_umfpack.py:17:
AttributeError: 'module' object has no attribute 'umfpack' (in ?)<br>
...................<br>
..zswap:n=4<br>
..zswap:n=3<br>
..................Residual: 1.05006950608e-07<br>
.........................................................................................<br>
======================================================================<br>
FAIL: check_syevr (scipy.lib.tests.test_lapack.test_flapack_float)<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File
"/usr/local/lib/python2.4/site-packages/scipy/lib/lapack/tests/esv_tests.py",
line 41, in check_syevr<br>
    assert_array_almost_equal(w,exact_w)<br>
  File "/usr/local/lib/python2.4/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 230, in assert_array_almost_equal<br>
    header='Arrays are not almost equal')<br>
  File "/usr/local/lib/python2.4/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 215, in assert_array_compare<br>
    assert cond, msg<br>
AssertionError:<br>
Arrays are not almost equal<br>
<br>
(mismatch 33.3333333333%)<br>
 x: array([-0.66992444,  0.48769444,  9.18222618], dtype=float32)<br>
 y: array([-0.66992434,  0.48769389,  9.18223045])<br>
<br>
======================================================================<br>
FAIL: check_syevr_irange
(scipy.lib.tests.test_lapack.test_flapack_float)<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File
"/usr/local/lib/python2.4/site-packages/scipy/lib/lapack/tests/esv_tests.py",
line 66, in check_syevr_irange<br>
    assert_array_almost_equal(w,exact_w[rslice])<br>
  File "/usr/local/lib/python2.4/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 230, in assert_array_almost_equal<br>
    header='Arrays are not almost equal')<br>
  File "/usr/local/lib/python2.4/site-packages/numpy/testing/utils.py",
line 215, in assert_array_compare<br>
    assert cond, msg<br>
AssertionError:<br>
Arrays are not almost equal<br>
<br>
(mismatch 33.3333333333%)<br>
 x: array([-0.66992444,  0.48769444,  9.18222618], dtype=float32)<br>
 y: array([-0.66992434,  0.48769389,  9.18223045])<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
Ran 1619 tests in 5.764s<br>
<br>
FAILED (failures=2)<br>
<br>
***************************************************************************************************<br>
******** My site.cfg used for both numpy and scipy<br>
******** it finds atlas, but that's all. If I uncomment the lines on
lapack_opt and blas_opt, it finds the <br>
<br>
[DEFAULT]<br>
library_dirs = /usr/local/lib/atlas<br>
include_dirs = /usr/local/lib/atlas<br>
[atlas]<br>
library_dirs = /usr/local/lib/atlas<br>
atlas_libs = lapack, f77blas, cblas, atlas<br>
# [blas_opt]<br>
# library_dirs = /usr/local/lib/atlas<br>
# blas_libs = fblas, f77blas, cblas<br>
# [lapack_opt]<br>
# library_dirs = /usr/local/lib/atlas<br>
# lapack_libs = lapack<br>
[blas]<br>
library_dirs = /usr/local/lib/atlas<br>
libraries = f77blas, cblas, atlas<br>
#<br>
[lapack]<br>
library_dirs = /usr/local/lib/atlas<br>
libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas<br>
[fftw]<br>
libraries = fftw3<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
====================================================================
Eric Emsellem                             <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:emsellem@obs.univ-lyon1.fr">emsellem@obs.univ-lyon1.fr</a>
                           Centre de Recherche Astrophysique de Lyon
9 av. Charles-Andre                        tel: +33 (0)4 78 86 83 84
69561 Saint-Genis Laval Cedex              fax: +33 (0)4 78 86 83 86
France                    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www-obs.univ-lyon1.fr/eric.emsellem">http://www-obs.univ-lyon1.fr/eric.emsellem</a>
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</pre>
</body>
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