<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 24, 2010 at 3:37 PM, Phil Morefield <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:philmorefield@yahoo.com">philmorefield@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

<div><div style="font-family: tahoma,new york,times,serif; font-size: 10pt; color: rgb(0, 0, 0);"><div></div>
<div>A question for scipy experts:</div>
<div> </div>
<div>I&#39;m trying to read in a very large three dimensional NetCDF file and failing. The code is simple:</div>
<div> </div>
<div>import numpy</div>
<div>from <a href="http://scipy.io" target="_blank">scipy.io</a> import netcdf</div>
<div> </div>
<div>ncFile = netcdf.netcdf_file(my_input_file,&quot;r&quot;)</div>
<div> </div>
<div><font color="#ff0000">Traceback (most recent call last):<br>  File &quot;&lt;interactive input&gt;&quot;, line 1, in &lt;module&gt;<br>  File &quot;C:\Python25\lib\site-packages\scipy\io\netcdf.py&quot;, line 43, in __init__<br>

    self._parse()<br>  File &quot;C:\Python25\lib\site-packages\scipy\io\netcdf.py&quot;, line 79, in _parse<br>    self._var_array()<br>  File &quot;C:\Python25\lib\site-packages\scipy\io\netcdf.py&quot;, line 135, in _var_array<br>

    self.variables[name] = self._read_var()<br>  File &quot;C:\Python25\lib\site-packages\scipy\io\netcdf.py&quot;, line 180, in _read_var<br>    attributes = self._att_array()<br>  File &quot;C:\Python25\lib\site-packages\scipy\io\netcdf.py&quot;, line 119, in _att_array<br>

    attributes[name] = self._read_values(n, nc_type)<br>  File &quot;C:\Python25\lib\site-packages\scipy\io\netcdf.py&quot;, line 193, in _read_values<br>    count = n *
 bytes[nc_type-1]<br>IndexError: list index out of range</font></div>
<div><font color="#ff0000"></font> </div>
<div><font color="#000000">I went into the scipy code and determined that the variable &#39;nc_type&#39; is being passed to _read_values with a value of 1333097057, while the list object &#39;bytes&#39; only holds six items. That explains the &quot;list index out of range&quot;. My suspicion is that some identifying information is wrong with my NetCDF file, but I can&#39;t figure out where the &#39;nc_type&#39; variable comes from exactly, so I&#39;m just guessing.</font></div>


<div> </div>
<div>I&#39;d really appreciate some help with this. Any ideas? </div>
<div> </div>
<div>Thanks!</div>
<div> </div></div></div></blockquote><div><br>Phil,<br><br>Can you please do a ncdump -h on the file and post the output here.  That might help explain things.  Also, how many megabytes is this file.  It might be possible that the code is not properly detecting the newer mode (which contains extra data at the beginning of the header) and therefore is reading bad values in the wrong spots.<br>

<br>Ben Root<br><br></div></div>