<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 14, 2010 at 12:38 AM, Uri Laserson <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:laserson@mit.edu">laserson@mit.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi Ralf,<div><br></div><div>Sor for my delayed response, I missed this message in my inbox.<br clear="all"></div></blockquote><div><br>No problem at all.<br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div><div>I have since moved forward with this problem, but I now have a runtime problem.</div><div><br></div>





<div>I am using python2.7 I built myself through the homebrew package manager.</div><div><br></div><div>Output from my compilers is as follows:</div><div><div>laserson@hobbes:~$ gcc -v</div><div>Using built-in specs.</div>






<div>Target: i686-apple-darwin10</div><div>Configured with: /var/tmp/gcc/gcc-5664~89/src/configure --disable-checking --enable-werror --prefix=/usr --mandir=/share/man --enable-languages=c,objc,c++,obj-c++ --program-transform-name=/^[cg][^.-]*$/s/$/-4.2/ --with-slibdir=/usr/lib --build=i686-apple-darwin10 --program-prefix=i686-apple-darwin10- --host=x86_64-apple-darwin10 --target=i686-apple-darwin10 --with-gxx-include-dir=/include/c++/4.2.1</div>






<div>Thread model: posix</div><div>gcc version 4.2.1 (Apple Inc. build 5664)</div></div><div><br></div><div><div>laserson@hobbes:~$ g++ -v</div><div>Using built-in specs.</div><div>Target: i686-apple-darwin10</div><div>Configured with: /var/tmp/gcc/gcc-5664~89/src/configure --disable-checking --enable-werror --prefix=/usr --mandir=/share/man --enable-languages=c,objc,c++,obj-c++ --program-transform-name=/^[cg][^.-]*$/s/$/-4.2/ --with-slibdir=/usr/lib --build=i686-apple-darwin10 --program-prefix=i686-apple-darwin10- --host=x86_64-apple-darwin10 --target=i686-apple-darwin10 --with-gxx-include-dir=/include/c++/4.2.1</div>






<div>Thread model: posix</div><div>gcc version 4.2.1 (Apple Inc. build 5664)</div></div><div><br></div><div><div>laserson@hobbes:~$ gfortran -v</div><div>Using built-in specs.</div><div>Target: i686-apple-darwin8</div><div>






Configured with: /Builds/unix/gcc/gcc-4.2/configure --prefix=/usr/local --mandir=/share/man --program-transform-name=/^[cg][^.-]*$/s/$/-4.2/ --build=i686-apple-darwin8 --host=i686-apple-darwin8 --target=i686-apple-darwin8 --enable-languages=fortran</div>






<div>Thread model: posix</div><div>gcc version 4.2.3</div></div><div><br></div><div>I installed numpy and scipy loosely based on the directions here:</div><div><a href="http://mail.scipy.org/pipermail/numpy-discussion/2010-August/052227.html" target="_blank">http://mail.scipy.org/pipermail/numpy-discussion/2010-August/052227.html</a></div>





<div><br></div></div></blockquote><div>I see that unfortunately that mail did not receive any response, I don&#39;t remember seeing it. The info in it is not entirely correct.<br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div>More specifically, after installing gfortran, I downloaded the following versions of numpy and scipy:</div><div>numpy 1.5.1</div><div>scipy 0.8.0</div></div></blockquote><div><br>scipy 0.8.0 has one issue with python 2.7. You should either use the 0.8.x svn branch or 0.9.0b1 from svn or Sourceforge.<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div><br></div><div>I then set the following environment variables:</div>




<div><div>export MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET=10.6</div></div></div></blockquote><div>This is OK.<br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div><div><div>export CFLAGS=&quot;-arch i386 -arch x86_64&quot;</div><div>export FFLAGS=&quot;-m32 -m64&quot;</div><div>export LDFLAGS=&quot;-Wall -undefined dynamic_lookup -bundle -arch i386 -arch x86_64 -framework Accelerate&quot;</div>
</div></div></blockquote><div><br>This is incorrect. When you build with distutils, CFLAGS/FFLAGS will overwrite all flags, not append them. You should just leave this out, default flags work fine with numpy 1.5.1 + scipy as specified above.<br>
 </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div>




</div><div><br></div><div>Then I built and installed numpy as follows (note: sudo is not needed, as I took ownership of /usr/local):</div><div><div>python setup.py build --fcompiler=gnu95</div><div>python setup.py install</div>





</div><div><br></div><div>The results of numpy.test() are:</div><div><div>&gt;&gt;&gt; numpy.test()</div></div></div></blockquote><div><br>Looks OK. As a sanity check, run numpy.test(&#39;full&#39;). There are some extra distutils tests that get run like that.<br>
 <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div><div>Running unit tests for numpy</div><div>NumPy version 1.5.1</div><div>
NumPy is installed in /usr/local/Cellar/python/2.7.1/lib/python2.7/site-packages/numpy</div>



<div>Python version 2.7.1 (r271:86832, Dec  7 2010, 12:37:47) [GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5664)]</div><div>nose version 0.11.4</div></div><div>....</div><div><div>Ran 3006 tests in 18.312s</div><div><br></div><div>OK (KNOWNFAIL=4, SKIP=1)</div>




<div>&lt;nose.result.TextTestResult run=3006 errors=0 failures=0&gt;</div></div><div><br></div><div>Then I installed scipy as follows:</div><div><div>python setup.py build --fcompiler=gnu95</div><div>
python setup.py install</div></div><div><br></div><div>and ran the tests, giving output:</div><div><div>&gt;&gt;&gt; scipy.test()</div><div>Running unit tests for scipy</div><div>NumPy version 1.5.1</div><div>NumPy is installed in /usr/local/Cellar/python/2.7.1/lib/python2.7/site-packages/numpy</div>




<div>SciPy version 0.8.0</div><div>SciPy is installed in /usr/local/Cellar/python/2.7.1/lib/python2.7/site-packages/scipy</div><div>Python version 2.7.1 (r271:86832, Dec  7 2010, 12:37:47) [GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5664)]</div>




<div>nose version 0.11.4</div><div>RuntimeError: module compiled against ABI version 2000000 but this version of numpy is 1000009</div></div><div>....</div><div><div>Ran 4405 tests in 87.505s</div><div><br></div><div>OK (KNOWNFAIL=19, SKIP=28)</div>



<div>&lt;nose.result.TextTestResult run=4405 errors=0 failures=0&gt;</div></div><div><br></div><div>Note the RuntimeError listed above:</div><div>RuntimeError: module compiled against ABI version 2000000 but this version of numpy is 1000009</div>
</div></blockquote><div><br>That looks like you have some other numpy install hanging around.<br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div>


<div><br></div><div>I can still import scipy fine.  However, I then have a problem after building matplotlib (GitHub).  I can build it fine:</div><div><div>============================================================================</div>



<div>BUILDING MATPLOTLIB</div><div>            matplotlib: 1.0.0</div><div>                python: 2.7.1 (r271:86832, Dec  7 2010, 12:37:47)  [GCC</div><div>                        4.2.1 (Apple Inc. build 5664)]</div><div>



              platform: darwin</div><div><br></div><div>REQUIRED DEPENDENCIES</div><div>                 numpy: 1.5.1</div><div>             freetype2: 12.0.6</div><div><br></div><div>OPTIONAL BACKEND DEPENDENCIES</div><div>



                libpng: 1.2.44</div><div>               Tkinter: Tkinter: 81008, Tk: 8.5, Tcl: 8.5</div><div>                  Gtk+: no</div><div>                        * Building for Gtk+ requires pygtk; you must be able</div>



<div>                        * to &quot;import gtk&quot; in your build/install environment</div><div>       Mac OS X native: yes</div><div>                    Qt: no</div><div>                   Qt4: no</div><div>                 Cairo: no</div>



</div><div><br></div><div>However, when I import matplotlib.pyplot, I get:</div><div><div>&gt;&gt;&gt; import matplotlib.pyplot</div><div>RuntimeError: module compiled against ABI version 2000000 but this version of numpy is 1000009</div>



<div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 1, in &lt;module&gt;</div><div>  File &quot;/Users/laserson/matplotlib/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/pyplot.py&quot;, line 23, in &lt;module&gt;</div>



<div>    from matplotlib.figure import Figure, figaspect</div><div>  File &quot;/Users/laserson/matplotlib/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/figure.py&quot;, line 16, in &lt;module&gt;</div><div>    import artist</div>



<div>  File &quot;/Users/laserson/matplotlib/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/artist.py&quot;, line 6, in &lt;module&gt;</div><div>    from transforms import Bbox, IdentityTransform, TransformedBbox, TransformedPath</div>



<div>  File &quot;/Users/laserson/matplotlib/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/transforms.py&quot;, line 34, in &lt;module&gt;</div><div>    from matplotlib._path import affine_transform</div><div>ImportError: numpy.core.multiarray failed to import</div>



</div><div><br></div><div><br></div><div>However, when I separately try to import numpy.core.multiarray, I have no problem.</div><div><br></div></div></blockquote><div>Same problem as with scipy I guess.<br><br>Cheers,<br>
Ralf<br><br><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div></div><div>Any ideas?</div><div><br></div><div>Thanks!</div>
<div>Uri</div><div><br>


</div><div><br></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 8, 2010 at 06:18, Ralf Gommers <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ralf.gommers@googlemail.com" target="_blank">ralf.gommers@googlemail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">






<br><br><div class="gmail_quote"><div>On Wed, Dec 8, 2010 at 4:06 AM, Uri Laserson <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:laserson@mit.edu" target="_blank">laserson@mit.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">







Hi all,<div><br></div><div>I am on a MacMini with Intel processor.  I just installed OS X 10.6 and the latest Xcode that I could download, which included gcc 4.2.  I am using python 2.7 built from source using homebrew.  I installed the gfortran 4.2.3 binaries from <a href="http://r.research.att.com/tools/" target="_blank">http://r.research.att.com/tools/</a>.</div>









<div><br></div><div>I am trying to install numpy and scipy.  numpy installs fine with or without switching to g++-4.0.  I have successfully installed it using pip and also directly from source from the git repository.</div>









<div><br></div><div>Scipy is giving me errors on install (the same errors whether I use pip or try the svn repository).  I installed it successfully yesterday on a new Macbook Air using pip, after changing the symlinks to point to g++-4.0.  However, today on my MacMini, I am getting errors after following the same protocol.</div>









<div><br></div><div>The errors I am getting are here:</div><div><a href="https://gist.github.com/732293" target="_blank">https://gist.github.com/732293</a></div></blockquote></div><div><br>The error indicates that 32 and 64 bit binaries are being mixed. Can you tell us the following:<br>







- what build command you used <br>- what Python you are using (from <a href="http://python.org" target="_blank">python.org</a>, from Apple, self-compiled?)<br>- the output of &quot;gcc -v&quot;, &quot;g++ -v&quot; and &quot;gfortran -v&quot;<br>







<br>Ralf<br><br></div></div><br>
<br>_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list<br>
<a href="mailto:SciPy-User@scipy.org" target="_blank">SciPy-User@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list<br>
<a href="mailto:SciPy-User@scipy.org">SciPy-User@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</a><br>
<br></blockquote></div><br>