Okay here is a much simpler test case: <a href="https://gist.github.com/1121046">https://gist.github.com/1121046</a><br><br>The print statements, for me, show that <i>objective</i> is being passed nan. Does this warrant a ticket? Should I continue this discussion on the development list?<br>

<br>Gustavo<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 1, 2011 at 6:06 PM, Gustavo Goretkin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gustavo.goretkin@gmail.com">gustavo.goretkin@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

The code depends on scikit-learn. I&#39;ll post the issue there if you think the problem is related to that module. My thinking is that fmin_cobyla shouldn&#39;t be feeding nan to the objective function.<br><br>The code that causes the exception is gp_error.py . I made a change to one of the functions in scikit-learn, so I just included that file too. Just keep both files in the same directory.<br>


<br>Thanks for the help.<br><font color="#888888"><br>Gustavo</font><div><div></div><div class="h5"><br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 1, 2011 at 3:49 PM, Christopher Jordan-Squire <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:cjordan1@uw.edu" target="_blank">cjordan1@uw.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204, 204, 204);padding-left:1ex">Could you send the code that&#39;s causing the problem?<br><br>-Chris Jordan-Squire<br><br><div class="gmail_quote">


<div><div></div><div>On Mon, Aug 1, 2011 at 2:23 PM, Gustavo Goretkin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gustavo.goretkin@gmail.com" target="_blank">gustavo.goretkin@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204, 204, 204);padding-left:1ex"><div><div></div><div>I am using the Gaussian Process module in scikit-learn. It uses optimize.fmin_cobyla to find the best hyper-parameters. It looks like, though, that fmin_cobyla is, after a couple of iterations, feeding nan to the objective function. Any ideas? <br>





<br>scipy.__version__ = &#39;0.10.0.dev7180&#39;<br><br>Thanks,<br><font color="#888888">Gustavo<br>
</font><br></div></div>_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list<br>
<a href="mailto:SciPy-User@scipy.org" target="_blank">SciPy-User@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</a><br>
<br></blockquote></div><br>
<br>_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list<br>
<a href="mailto:SciPy-User@scipy.org" target="_blank">SciPy-User@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</a><br>
<br></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>