The sad thing is... I knew about the order of arguments :-( <div>but moving from one to the other I forgot to swap the arguments...<div><br></div><div>Thanks, I am very relieved to hear that  there is no such bug!</div><div>

<br></div><div>Flávio<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Nov 4, 2011 at 11:01, Warren Weckesser <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:warren.weckesser@enthought.com">warren.weckesser@enthought.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><br><br><div class="gmail_quote"><div class="im">On Fri, Nov 4, 2011 at 7:35 AM, Flavio Coelho <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:fccoelho@gmail.com" target="_blank">fccoelho@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Hi,<div><br></div><div>I am a long time user of scipy.integrate.odeint for solving ODEs. Today I decided to test the &quot;other solver&quot; in scipy: scipy.integrate.ode I am getting strange results for model below:</div>





<div><br></div><div><div>def fun(y,t):</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>&quot;&quot;&quot;</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>Logistic model</div>
<div>
<span style="white-space:pre-wrap">        </span>&quot;&quot;&quot;</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>a = .5</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>k = 1000.0 </div>

<div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>return a*(1-y/k)*y</div><div><br></div><div>r = ode(fun).set_integrator(&#39;vode&#39;,method=&#39;bdf&#39;, with_jacobian=False)</div><div>r.set_initial_value(1e-6,0)</div>





<div><div>res = np.zeros(10000)</div><div>i = 0</div><div>while r.successful() and r.t &lt; 100:</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>r.integrate(r.t+.01)</div><div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>res[i] = r.y</div>





<div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>i += 1</div></div><div><br></div><div><br></div><div>odeint solves this correctly and returns the caracteristic logistic curve which maxes out at 1000. ode, however, keeps growing beyond 1000.</div>





<div><br></div><div>I may be doing something stupid, since I am not familiar with the usage of ode. Or there maybe a bug in ode.</div><div><br></div></div></blockquote></div><div><br><font style="color:rgb(0, 0, 0)" color="#888888"><br>



Flávio</font>,<br><br>It is unfortunate, but odeint and ode use different conventions for the order of the arguments of the function that defines the system of differential equations.  If you change the signature of your definition of &#39;fun&#39; to &#39;def fun(t, y):&#39;, your example works fine.<br>



<br>Warren<br><br><br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204, 204, 204);padding-left:1ex"><div class="im"><div><div></div><div>I&#39;ll just stay away from ode for now, but I thought it might be a good Idea to report this.</div>





<div><br></div><font color="#888888"><div><br></div>-- <br>Flávio Codeço Coelho<br>================<br><a href="tel:%2B55%2821%29%203799-5567" value="+552137995567" target="_blank">+55(21) 3799-5567</a><br>Professor<br>Escola de Matemática Aplicada <br>



Fundação Getúlio Vargas<br>Rio de Janeiro - RJ<br>Brasil<br><br><br>
</font></div>
<br></div>_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list<br>
<a href="mailto:SciPy-User@scipy.org" target="_blank">SciPy-User@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</a><br>
<br></blockquote></div><br>
<br>_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list<br>
<a href="mailto:SciPy-User@scipy.org">SciPy-User@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Flávio Codeço Coelho<br>================<br>+55(21) 3799-5567<br>Professor<br>Escola de Matemática Aplicada <br>Fundação Getúlio Vargas<br>Rio de Janeiro - RJ<br>

Brasil<br><br><br>
</div></div>