<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 8, 2011 at 10:52 PM, k0ala <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:k0ala.gmane@augrime.net">k0ala.gmane@augrime.net</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Dear group,<br>
<br>
I am doing a clean install of Windows XP SP3, and I have setup Python 2.7, Numpy<br>
1.6.1 and Scipy 0.9, all via the standard Windows installers. Python seems to<br>
work well enough.<br>
<br>
However, when I follow the recommendations on testing the installations:<br>
(<a href="http://www.scipy.org/FAQ#head-75a5d2cc3678224d8e72fb4f58aa0f0639428722" target="_blank">http://www.scipy.org/FAQ#head-75a5d2cc3678224d8e72fb4f58aa0f0639428722</a>)<br>
  import numpy<br>
  numpy.test(level=1)<br>
  import scipy<br>
  scipy.test(level=1)<br></blockquote><div><br>Those are old, fixed now. <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
I run into problems. First, there is an error message that does not understand<br>
the &quot;level=1&quot; argument. When I run numpy.test() -- i.e. without arguments, there<br>
is a longer error: it says I have to install &quot;nose&quot; for tests. This I do via<br>
easy_install, and numpy.test() then terminates with an &quot;OK&quot; ruling.<br>
<br></blockquote><div>You did the right things.<br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
So far so good, but now there is a problem I don&#39;t know how to solve. Running<br>
scipy.test() results in two failures. The final lines are:<br>
<br>
Ran 4728 tests in 69.475s<br>
FAILED (KNOWNFAIL=12, SKIP=42, failures=2)<br>
&lt;nose.result.TextTestResult run=4728 errors=0 failures=2&gt;<br>
<br>
I am attaching the output of the session below.<br>
<br>
<br>
Microsoft Windows XP [Version 5.1.2600]<br>
(C) Copyright 1985-2001 Microsoft Corp.<br>
<br>
C:\Documents and Settings\koa&gt;python<br>
Python 2.7.2 (default, Jun 12 2011, 15:08:59) [MSC v.1500 32 bit (Intel)] on win<br>
32<br>
Type &quot;help&quot;, &quot;copyright&quot;, &quot;credits&quot; or &quot;license&quot; for more information.<br>
-&gt;&gt;&gt; import numpy<br>
-&gt;&gt;&gt; numpy.test()<br>
Running unit tests for numpy<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 1, in &lt;module&gt;<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\nosetester.py&quot;, line 318, in<br>
 test<br>
    self._show_system_info()<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\nosetester.py&quot;, line 187, in<br>
 _show_system_info<br>
    nose = import_nose()<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\nosetester.py&quot;, line 69, in<br>
import_nose<br>
    raise ImportError(msg)<br>
ImportError: Need nose &gt;= 0.10.0 for tests - see <a href="http://somethingaboutorange.com" target="_blank">http://somethingaboutorange.com</a><br>
/mrl/projects/nose<br>
-&gt;&gt;&gt; numpy.test(level=1)<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 1, in &lt;module&gt;<br>
TypeError: test() got an unexpected keyword argument &#39;level&#39;<br>
-&gt;&gt;&gt; quit()<br>
<br>
<br>
<br>
koa@cobila ~<br>
$ easy_install nose<br>
Searching for nose<br>
Reading <a href="http://pypi.python.org/simple/nose/" target="_blank">http://pypi.python.org/simple/nose/</a><br>
Reading <a href="http://somethingaboutorange.com/mrl/projects/nose/" target="_blank">http://somethingaboutorange.com/mrl/projects/nose/</a><br>
Reading <a href="http://readthedocs.org/docs/nose/" target="_blank">http://readthedocs.org/docs/nose/</a><br>
Best match: nose 1.1.2<br>
Downloading <a href="http://pypi.python.org/packages/source/n/nose/nose-1.1.2.tar.gz#md5=%0A144f237b615e23f21f6a50b2183aa817" target="_blank">http://pypi.python.org/packages/source/n/nose/nose-1.1.2.tar.gz#md5=<br>
144f237b615e23f21f6a50b2183aa817</a><br>
Processing nose-1.1.2.tar.gz<br>
Running nose-1.1.2\setup.py -q bdist_egg --dist-dir c:\cygwin\tmp\easy_install-x<br>
0cka7\nose-1.1.2\egg-dist-tmp-rm8rsq<br>
Adding nose 1.1.2 to easy-install.pth file<br>
Installing nosetests-script.py script to C:\Python27\Scripts<br>
Installing nosetests.exe script to C:\Python27\Scripts<br>
Installing nosetests.exe.manifest script to C:\Python27\Scripts<br>
Installing <a href="http://nosetests-2.7-script.py" target="_blank">nosetests-2.7-script.py</a> script to C:\Python27\Scripts<br>
Installing nosetests-2.7.exe script to C:\Python27\Scripts<br>
Installing nosetests-2.7.exe.manifest script to C:\Python27\Scripts<br>
<br>
Installed c:\python27\lib\site-packages\nose-1.1.2-py2.7.egg<br>
Processing dependencies for nose<br>
Finished processing dependencies for nose<br>
<br>
<br>
<br>
koa@cobila ~<br>
$ python<br>
Python 2.7.2 (default, Jun 12 2011, 15:08:59) [MSC v.1500 32 bit (Intel)] on win<br>
32<br>
Type &quot;help&quot;, &quot;copyright&quot;, &quot;credits&quot; or &quot;license&quot; for more information.<br>
-&gt;&gt;&gt; import numpy<br>
-&gt;&gt;&gt; numpy.test(level=1)<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File &quot;&lt;stdin&gt;&quot;, line 1, in &lt;module&gt;<br>
TypeError: test() got an unexpected keyword argument &#39;level&#39;<br>
-&gt;&gt;&gt; numpy.test()<br>
Running unit tests for numpy<br>
NumPy version 1.6.1<br>
NumPy is installed in C:\Python27\lib\site-packages\numpy<br>
Python version 2.7.2 (default, Jun 12 2011, 15:08:59) [MSC v.1500 32 bit (Intel)<br>
]<br>
nose version 1.1.2<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
..........................................................................K.....<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
......K...............................................................K..K......<br>
........................K...SK.S.......S........................................<br>
......................................S.........................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
......................K.........K...............................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
..S.............................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
........................................<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
Ran 2999 tests in 22.263s<br>
<br>
OK (KNOWNFAIL=8, SKIP=5)<br>
&lt;nose.result.TextTestResult run=2999 errors=0 failures=0&gt;<br>
-&gt;&gt;&gt; import scipy<br>
-&gt;&gt;&gt; scipy.test()<br>
Running unit tests for scipy<br>
NumPy version 1.6.1<br>
NumPy is installed in C:\Python27\lib\site-packages\numpy<br>
SciPy version 0.9.0<br>
SciPy is installed in C:\Python27\lib\site-packages\scipy<br>
Python version 2.7.2 (default, Jun 12 2011, 15:08:59) [MSC v.1500 32 bit (Intel)<br>
]<br>
nose version 1.1.2<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
.............................................K..................................<br>
................................................................................<br>
....K..K........................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
............................................................................SSSS<br>
SS......SSSSSS......SSSS........................................................<br>
.........S.........F............................................................<br>
................................................................................<br>
..........................................................K.....................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
......SSSSS.........S...........................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
..................................................SSSSSSSSSSS...................<br>
................................................................................<br>
.............................................................K..................<br>
.............................................K..................................<br>
................................................................................<br>
.........................................KK.....................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
.................................C:\Python27\lib\site-packages\scipy\special\tes<br>
ts\test_basic.py:1589: RuntimeWarning: invalid value encountered in absolute<br>
  assert_(np.abs(c2) &gt;= 1e300, (v, z))<br>
.........................K.K....................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
....K........K.........SSSSSSS..................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................C:\Python27\lib\site-packages\scipy\stats\distributions.py:3546:<br>
 RuntimeWarning: overflow encountered in exp<br>
  return exp(c*x-exp(x)-gamln(c))<br>
.................................C:\Python27\lib\site-packages\scipy\stats\distr<br>
ibutions.py:3955: RuntimeWarning: invalid value encountered in sqrt<br>
  vals = 2*(bt+1.0)*sqrt(b-2.0)/((b-3.0)*sqrt(b))<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
.........................................................S......................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
........F.......................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
................................................................................<br>
......<br>
======================================================================<br>
FAIL: Test singular pair<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\nose-1.1.2-py2.7.egg\nose\case.py&quot;, line 1<br>
97, in runTest<br>
    self.test(*self.arg)<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\scipy\linalg\tests\test_decomp.py&quot;, line 2<br>
02, in test_singular<br>
    self._check_gen_eig(A, B)<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\scipy\linalg\tests\test_decomp.py&quot;, line 1<br>
89, in _check_gen_eig<br>
    err_msg=msg)<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\utils.py&quot;, line 800, in asse<br>
rt_array_almost_equal<br>
    header=(&#39;Arrays are not almost equal to %d decimals&#39; % decimal))<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\utils.py&quot;, line 636, in asse<br>
rt_array_compare<br>
    raise AssertionError(msg)<br>
AssertionError:<br>
Arrays are not almost equal to 6 decimals<br>
<br>
array([[22, 34, 31, 31, 17],<br>
       [45, 45, 42, 19, 29],<br>
       [39, 47, 49, 26, 34],<br>
       [27, 31, 26, 21, 15],<br>
       [38, 44, 44, 24, 30]])<br>
array([[13, 26, 25, 17, 24],<br>
       [31, 46, 40, 26, 37],<br>
       [26, 40, 19, 25, 25],<br>
       [16, 25, 27, 14, 23],<br>
       [24, 35, 18, 21, 22]])<br>
(mismatch 25.0%)<br>
 x: array([ -2.45037885e-01 +0.00000000e+00j,<br>
         5.17637463e-16 -4.01120590e-08j,<br>
         5.17637463e-16 +4.01120590e-08j,   2.00000000e+00 +0.00000000e+00j])<br>
 y: array([ -3.74550285e-01 +0.00000000e+00j,<br>
        -5.17716907e-17 -1.15230800e-08j,<br>
        -5.17716907e-17 +1.15230800e-08j,   2.00000000e+00 +0.00000000e+00j])<br>
<br></blockquote><div><br>This one can&#39;t be reproduced on most other systems, it may have something to do with your ATLAS or hardware. See <a href="http://mail.scipy.org/pipermail/scipy-dev/2011-January/015868.html">http://mail.scipy.org/pipermail/scipy-dev/2011-January/015868.html</a><br>
<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
======================================================================<br>
FAIL: test_expon (test_morestats.TestAnderson)<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\scipy\stats\tests\test_morestats.py&quot;, line<br>
 72, in test_expon<br>
    assert_array_less(crit[:-1], A)<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\utils.py&quot;, line 869, in asse<br>
rt_array_less<br>
    header=&#39;Arrays are not less-ordered&#39;)<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\utils.py&quot;, line 613, in asse<br>
rt_array_compare<br>
    chk_same_position(x_id, y_id, hasval=&#39;inf&#39;)<br>
  File &quot;C:\Python27\lib\site-packages\numpy\testing\utils.py&quot;, line 588, in chk_<br>
same_position<br>
    raise AssertionError(msg)<br>
AssertionError:<br>
Arrays are not less-ordered<br>
<br>
x and y inf location mismatch:<br>
 x: array([ 0.911,  1.065,  1.325,  1.587])<br>
 y: array(inf)<br>
<br></blockquote><div>This is only a problem in the test, not with the functionality. It has been corrected for the next scipy release.<br><br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

Ran 4728 tests in 69.475s<br>
<br>
FAILED (KNOWNFAIL=12, SKIP=42, failures=2)<br>
&lt;nose.result.TextTestResult run=4728 errors=0 failures=2&gt;<br>
<br>
<br>
Is this going to be a problem for using scipy? Do you have any recommendations<br>
for getting it to work, or for doing a cleaner install?<br>
<br></blockquote><div>That one failure isn&#39;t likely to give you problems. If you want to investigate anyway, you can start with checking the questions by Pauli in the thread I linked to.<br><br>Cheers,<br>Ralf<br><br>
</div></div>