<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 27, 2012 at 3:47 PM, Dugan Witherick <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:d.witherick@ucl.ac.uk">d.witherick@ucl.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear Ralf,<br><br>I&#39;ve attached the build log and test log to this message.  I&#39;m guessing that mail board will scrub the attachments and replace them with links but I thought it better to do it this way than fill people&#39;s inboxes with long messages.  Please say if you think it is better to just inline the logs.<br>
</blockquote><div><br>This worked fine. The build log is certainly too long to put in a mail.<br><br>All the test failures come from the interpolate module. There are some warnings like<br>     warning: &quot;_POSIX_C_SOURCE&quot; redefined<br>
which I don&#39;t think hurt too much, but indicate something unusual about your setup.<br><br>There&#39;s a bunch more that looks wrong, but I have no idea about the cause:<br><br>compile options: &#39;-I/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python2.6 -c&#39;<br>
gcc: scipy/interpolate/interpnd.c<br>/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/core/include/numpy/__multiarray_api.h:1532: warning: ‘_import_array’ defined but not used<br>/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/core/include/numpy/__ufunc_api.h:226: warning: ‘_import_umath’ defined but not used<br>
scipy/interpolate/interpnd.c: In function ‘__pyx_f_8interpnd__clough_tocher_2d_single_double’:<br>scipy/interpolate/interpnd.c:4383: warning: ‘__pyx_v_g1’ may be used uninitialized in this function<br>scipy/interpolate/interpnd.c:4384: warning: ‘__pyx_v_g2’ may be used uninitialized in this function<br>
scipy/interpolate/interpnd.c:4385: warning: ‘__pyx_v_g3’ may be used uninitialized in this function<br>scipy/interpolate/interpnd.c: In function ‘__pyx_f_8interpnd__clough_tocher_2d_single_complex’:<br>scipy/interpolate/interpnd.c:4683: warning: ‘__pyx_v_g1’ may be used uninitialized in this function<br>
scipy/interpolate/interpnd.c:4684: warning: ‘__pyx_v_g2’ may be used uninitialized in this function<br>scipy/interpolate/interpnd.c:4685: warning: ‘__pyx_v_g3’ may be used uninitialized in this function<br>gcc -pthread -shared build/temp.linux-x86_64-2.6/scipy/interpolate/interpnd.o -L/usr/lib64 -Lbuild/temp.linux-x86_64-2.6 -lpython2.6 -o build/lib.linux-x86_64-2.6/scipy/interpolate/interpnd.so<br>
building &#39;scipy.interpolate._fitpack&#39; extension<br>compiling C sources<br>C compiler: gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC<br>
<br>creating build/temp.linux-x86_64-2.6/scipy/interpolate/src<br>compile options: &#39;-I/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python2.6 -c&#39;<br>gcc: scipy/interpolate/src/_fitpackmodule.c<br>
In file included from scipy/interpolate/src/_fitpackmodule.c:7:<br>scipy/interpolate/src/__fitpack.h: In function ‘fitpack_surfit’:<br>scipy/interpolate/src/__fitpack.h:272: warning: passing argument 18 of ‘surfit_’ from incompatible pointer type<br>
scipy/interpolate/src/__fitpack.h:97: note: expected ‘int *’ but argument is of type ‘npy_intp *’<br>scipy/interpolate/src/__fitpack.h:272: warning: passing argument 20 of ‘surfit_’ from incompatible pointer type<br>scipy/interpolate/src/__fitpack.h:97: note: expected ‘int *’ but argument is of type ‘npy_intp *’<br>
scipy/interpolate/src/__fitpack.h:282: warning: passing argument 18 of ‘surfit_’ from incompatible pointer type<br>scipy/interpolate/src/__fitpack.h:97: note: expected ‘int *’ but argument is of type ‘npy_intp *’<br>scipy/interpolate/src/__fitpack.h:282: warning: passing argument 20 of ‘surfit_’ from incompatible pointer type<br>
scipy/interpolate/src/__fitpack.h:97: note: expected ‘int *’ but argument is of type ‘npy_intp *’<br>scipy/interpolate/src/__fitpack.h: In function ‘fitpack_parcur’:<br><br>Ralf<br><br><br><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">

<br>Dugan<br><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On 26 February 2012 21:43, Ralf Gommers <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ralf.gommers@googlemail.com" target="_blank">ralf.gommers@googlemail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5">
<br><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Fri, Feb 24, 2012 at 12:48 PM, Dugan Witherick <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:d.witherick@ucl.ac.uk" target="_blank">d.witherick@ucl.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I&#39;m trying to build numpy (1.6.1) and scipy (0.10.1rc2) on Scientific Linux 6.0.  I&#39;ve successfully managed to build both packages from source using <div><br></div><div>python setup.py config_fc --fcompiler=gnu95 install</div>





<div><br></div><div>but while numpy passes its tests, scipy doesn&#39;t:</div><div><br></div><div><div>&gt;&gt;&gt; scipy.test()</div><div>Running unit tests for scipy</div><div>NumPy version 1.6.1</div><div>NumPy is installed in /usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy</div>




<div>SciPy version 0.10.1rc2</div><div>SciPy is installed in /usr/lib64/python2.6/site-packages/scipy</div><div>Python version 2.6.6 (r266:84292, May 20 2011, 16:42:11) [GCC 4.4.5 20110214 (Red Hat 4.4.5-6)]</div><div>nose version 0.10.4</div>




</div><div><br></div><div>---SKIPPED----</div><div><br></div><div><div>======================================================================</div><div>ERROR: test_qhull.TestTriangulation.test_pathological</div><div>----------------------------------------------------------------------</div>




<div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File &quot;/usr/lib/python2.6/site-packages/nose/case.py&quot;, line 182, in runTest</div><div>    self.test(*self.arg)</div><div>  File &quot;/usr/lib64/python2.6/site-packages/scipy/spatial/tests/test_qhull.py&quot;, line 216, in test_pathological</div>




<div>    assert_equal(tri.points[tri.vertices].max(),</div><div>ValueError: zero-size array to maximum.reduce without identity</div></div><div><br></div><div><div>======================================================================</div>




<div>FAIL: test_interpnd.TestCloughTocher2DInterpolator.test_dense</div><div>----------------------------------------------------------------------</div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File &quot;/usr/lib/python2.6/site-packages/nose/case.py&quot;, line 182, in runTest</div>




<div>    self.test(*self.arg)</div><div>  File &quot;/usr/lib64/python2.6/site-packages/scipy/interpolate/tests/test_interpnd.py&quot;, line 183, in test_dense</div><div>    err_msg=&quot;Function %d&quot; % j)</div><div>




  File &quot;/usr/lib64/python2.6/site-packages/scipy/interpolate/tests/test_interpnd.py&quot;, line 132, in _check_accuracy</div><div>    assert_allclose(a, b, **kw)</div><div>  File &quot;/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/testing/utils.py&quot;, line 1168, in assert_allclose</div>




<div>    verbose=verbose, header=header)</div><div>  File &quot;/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/testing/utils.py&quot;, line 605, in assert_array_compare</div><div>    chk_same_position(x_id, y_id, hasval=&#39;nan&#39;)</div>




<div>  File &quot;/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/testing/utils.py&quot;, line 588, in chk_same_position</div><div>    raise AssertionError(msg)</div><div>AssertionError: </div><div>Not equal to tolerance rtol=0.01, atol=0.005</div>




<div>Function 0</div><div>x and y nan location mismatch:</div><div> x: array([ nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,</div><div>        nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,</div>




<div>        nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,  nan,...</div><div> y: array([  3.66796999e-02,   1.91605573e-01,   6.08362261e-01,</div><div>         7.64324844e-02,   9.18031021e-01,   1.28033199e-01,</div>




<div>         4.67121584e-01,   1.37085621e-01,   2.53092671e-01,...</div></div><div><br></div><div>---SKIPPED several other fails---</div><div><br></div><div><div>----------------------------------------------------------------------</div>




<div>Ran 5102 tests in 80.529s</div><div><br></div><div>FAILED (KNOWNFAIL=13, SKIP=35, errors=1, failures=19)</div><div>&lt;nose.result.TextTestResult run=5102 errors=1 failures=19&gt;</div></div><div><br></div><div>numpy/scipy are being built against lapack (3.2.1), blas (3.2.1) and atlas (3.8.3) from the standard Scientific Linux repository.  I would appreciate any advice/suggestions on where I might be going wrong.</div>


</blockquote></div></div><div><br>Could you post all the test failures and the build log? <br></div></div><span><font color="#888888"><br>Ralf<br><br>
</font></span><br></div></div>_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list<br>
<a href="mailto:SciPy-User@scipy.org" target="_blank">SciPy-User@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</a><br>
<br></blockquote></div><br>
<br>_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list<br>
<a href="mailto:SciPy-User@scipy.org">SciPy-User@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</a><br>
<br></blockquote></div><br>