<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jul 21, 2012 at 9:39 AM, Ralf Gommers <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ralf.gommers@googlemail.com" target="_blank">ralf.gommers@googlemail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<br><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Sat, Jul 21, 2012 at 1:26 PM, Warren Weckesser <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:warren.weckesser@enthought.com" target="_blank">warren.weckesser@enthought.com</a>&gt;</span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Sat, Jul 21, 2012 at 3:02 AM, Ralf Gommers <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ralf.gommers@googlemail.com" target="_blank">ralf.gommers@googlemail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<br><br><div class="gmail_quote"><div>2012/7/21 王瑞期 <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:shahuwang@qq.com" target="_blank">shahuwang@qq.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div> <a href="http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.cluster.vq.whiten.html#scipy.cluster.vq.whiten" target="_blank">http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.cluster.vq.whiten.html#scipy.cluster.vq.whiten</a> </div>





<div> In the bottom of this page,the result of the whiten function is wrong.</div></blockquote></div><div><br>You&#39;re right, the current output as documented is off by a constant factor:<br>&gt;&gt;&gt; res = whiten(features)<br>





&gt;&gt;&gt; res * 3.41250074 / res[0, 0]  # reproduce docstring output<br>array([[ 3.41250074,  2.20300046,  5.88897275],<br>       [ 2.69407953,  2.39456571,  7.62102356],<br>       [ 1.43684242,  0.57469577,  5.88897275]])<br>





<br>Does anyone know why, and is this result correct?<span><font color="#888888"><br><br>Ralf<br><br></font></span></div></div></blockquote></div></div><div><br><br>whiten(obs) returns (in effect) obs / obs.std(axis=0).  It appears that<br>




the docstring shows obs / obs.std(axis=0, ddof=1):<br><br><span style="font-family:courier new,monospace">In [14]: obs</span><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace">Out[14]: </span><br style="font-family:courier new,monospace">




<span style="font-family:courier new,monospace">array([[ 1.9,  2.3,  1.7],</span><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace">       [ 1.5,  2.5,  2.2],</span><br style="font-family:courier new,monospace">




<span style="font-family:courier new,monospace">       [ 0.8,  0.6,  1.7]])</span><br style="font-family:courier new,monospace"><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace">In [15]: vq.whiten(obs)</span><br style="font-family:courier new,monospace">




<span style="font-family:courier new,monospace">Out[15]: </span><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace">array([[ 4.17944278,  2.69811351,  7.21248917],</span><br style="font-family:courier new,monospace">




<span style="font-family:courier new,monospace">       [ 3.29956009,  2.93273208,  9.33380951],</span><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace">       [ 1.75976538,  0.7038557 ,  7.21248917]])</span><br style="font-family:courier new,monospace">




<br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace">In [16]: obs / obs.std(axis=0)</span><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace">Out[16]: </span><br style="font-family:courier new,monospace">




<span style="font-family:courier new,monospace">array([[ 4.17944278,  2.69811351,  7.21248917],</span><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace">       [ 3.29956009,  2.93273208,  9.33380951],</span><br style="font-family:courier new,monospace">




<span style="font-family:courier new,monospace">       [ 1.75976538,  0.7038557 ,  7.21248917]])</span><br style="font-family:courier new,monospace"><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace">In [17]: obs / obs.std(axis=0, ddof=1)</span><br style="font-family:courier new,monospace">




<span style="font-family:courier new,monospace">Out[17]: </span><br style="font-family:courier new,monospace"><div><span style="font-family:courier new,monospace">array([[ 3.41250074,  2.20300046,  5.88897275],</span><br style="font-family:courier new,monospace">




</div><span style="font-family:courier new,monospace">       [ 2.69407953,  2.39456571,  7.62102355],</span><br style="font-family:courier new,monospace"><span style="font-family:courier new,monospace">       [ 1.43684242,  0.57469577,  5.88897275]])</span><br>




<br><br>The whiten function has not changed in a long time.  Has the<br>default value of ddof in the numpy std() method changed in<br>the last five (or more) years?<br></div></div></blockquote></div></div><div><br>Four years ago, in 62e99493, a ddof kw was added. But that looks like a backwards-compatible commit to me.  I&#39;ll change the output in the whiten docstring.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>


<br>Ralf<br><br></font></span></div></div></blockquote><div><br>While you&#39;re at it, could you fix the spelling mistake (&quot;devation&quot;) in the description of the return value?   Thanks!<br><br>Warren<br><br> <br>

</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="gmail_quote"><div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br> <br></font></span></div>

</div>
<br>_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list<br>
<a href="mailto:SciPy-User@scipy.org">SciPy-User@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</a><br>
<br></blockquote></div><br>