<div dir="ltr">Sorry, but it seems I sent this back to only Nice Nell, and not the entire list!<div><br></div><div>-----</div><div><br></div><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Thanks for the reply. I was under the impression that the </span><font face="courier new, monospace" style="font-size:13px">with</font><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"> command automatically closed the file? Regardless, I went ahead and wrote the script up like this</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">

<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div class="im"><div><font face="courier new, monospace">import pyfits</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace">for filename in os.listdir(directory):</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"><span style="white-space:pre-wrap">        </span>kep_id = filename[4:13]</font></div></div><div><font face="courier new, monospace"><span style="white-space:pre-wrap">        </span>fits = pyfits.open(directory + &quot;/&quot; + filename, ignore_missing_end=True)</font></div>

<div class="im"><div><font face="courier new, monospace"><span style="white-space:pre-wrap">        </span>time = fits[1].data[&quot;TIME&quot;]</font></div><div><font face="courier new, monospace"><span style="white-space:pre-wrap">        </span>energy = fits[1].data[&quot;ENERGY&quot;]</font></div>

</div><div><font face="courier new, monospace"><span style="white-space:pre-wrap">        </span>fits.close()</font><br></div></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">

Unfortunately, I get the same error.</div></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div style="color:rgb(136,136,136)">Nicholas Earl</div><div style="color:rgb(136,136,136)">Graduate Research Assistant</div>

<div style="color:rgb(136,136,136)">San Diego State University</div></div></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 14, 2013 at 10:08 PM, Nico Nell <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nico.nell@gmail.com" target="_blank">nico.nell@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr">You need to close the files once you have retrieved the data...<div><br></div><div>See here: <a href="http://pythonhosted.org/pyfits/api_docs/api_hdulists.html#pyfits.HDUList.close" target="_blank">http://pythonhosted.org/pyfits/api_docs/api_hdulists.html#pyfits.HDUList.close</a></div>


<div><br></div><div>~Nick</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Fri, Jun 14, 2013 at 10:51 PM, Nicholas Earl <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nchlsearl@gmail.com" target="_blank">nchlsearl@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>


</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div>Hello everyone,</div><div><br></div><div>I&#39;m having an issue with opening and retrieving information for a large amount of fits files. Mainly, I keep running into a <font face="courier new, monospace">mmap.error: [Errno 24] Too many open files</font> error. The code I&#39;m using is:</div>




<div><br></div><div><font face="courier new, monospace">import pyfits</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><div><font face="courier new, monospace">for filename in os.listdir(directory):</font></div>




<div><font face="courier new, monospace"><span style="white-space:pre-wrap">        </span>kep_id = filename[4:13]</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace"><span style="white-space:pre-wrap">        </span>with pyfits.open(directory + &quot;/&quot; + filename, ignore_missing_end=True) as fits:</font></div>




<div><font face="courier new, monospace"><span style="white-space:pre-wrap">                </span>time = fits[1].data[&quot;TIME&quot;]</font></div><div><font face="courier new, monospace"><span style="white-space:pre-wrap">                </span>energy = fits[1].data[&quot;ENERGY&quot;]</font></div>




<div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Any ideas would be greatly appreciated!</font></div></div><span><font color="#888888"><div><div dir="ltr">
<div style="color:rgb(136,136,136)">

<br></div><div style="color:rgb(136,136,136)">Nicholas Earl</div><div style="color:rgb(136,136,136)">Graduate Research Assistant</div><div style="color:rgb(136,136,136)">San Diego State University</div></div></div>
</font></span></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
AstroPy mailing list<br>
<a href="mailto:AstroPy@scipy.org" target="_blank">AstroPy@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/astropy" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/astropy</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>