<font size=2 face="sans-serif">Here it is. </font><a href="https://bitbucket.org/parkerdg/kdtree-failure"><font size=2 face="sans-serif">https://bitbucket.org/parkerdg/kdtree-failure</font></a>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Thank you for your help!</font>
<br>
<br><font size=2 face="Arial"><b>David G. Parker<br>
</b></font>
<br>
<br>
<br><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">From: &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">Oleksandr Huziy &lt;guziy.sasha@gmail.com&gt;</font>
<br><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">To: &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">DParker@chromalloy.com</font>
<br><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">Date: &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">07/20/2012 04:07 PM</font>
<br><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">Subject: &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">Fwd: [SciPy-User]
KDTree IndexError</font>
<br>
<hr noshade>
<br>
<br>
<br><font size=3>Hi,<br>
<br>
I have not received the files. Maybe it's best to upload them somewhere?<br>
<br>
Cheers<br>
--<br>
Oleksandr<br>
</font>
<br><font size=3>---------- Forwarded message ----------<br>
From: &lt;</font><a href=mailto:DParker@chromalloy.com><font size=3 color=blue><u>DParker@chromalloy.com</u></font></a><font size=3>&gt;<br>
Date: 2012/7/20<br>
Subject: Re: [SciPy-User] KDTree IndexError<br>
To: SciPy Users List &lt;</font><a href="mailto:scipy-user@scipy.org"><font size=3 color=blue><u>scipy-user@scipy.org</u></font></a><font size=3>&gt;<br>
<br>
</font><font size=3 face="sans-serif"><br>
Yes but the mailing list bounced back the email with the data attached
due to size so I've emailed the file directly to you. </font><font size=3><br>
</font><font size=3 face="sans-serif"><br>
I have two examples - one that works and one that causes a failure. </font><font size=3><br>
</font><font size=3 face="sans-serif"><br>
Some info on the data:</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Good &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp;Bad &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Min &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Max &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp;Min &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Max</font><font size=3> </font><font size=3 face="sans-serif"><br>
X &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.0551 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0569
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0610 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0911</font><font size=3>
</font><font size=3 face="sans-serif"><br>
Y &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.0540 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0350
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.0586 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0185</font><font size=3>
</font><font size=3 face="sans-serif"><br>
Z &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.0589 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.0702 &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.9121 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.0624</font><font size=3>
<br>
</font><font size=3 face="sans-serif"><br>
I'll add that in the original script where I first encountered the KDTree
failure there was some pre-processing of the data before building the KDTree:
converting units, sorting the coordinates. I've recently eliminated all
of the pre-processing and I still encountered the same failure.</font><font size=3>
<br>
</font><font size=3 face="Arial"><b><br>
David G. Parker</b></font><font size=3><br>
<br>
<br>
</font><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif"><br>
From: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">Oleksandr
Huziy &lt;</font><a href=mailto:guziy.sasha@gmail.com target=_blank><font size=1 color=blue face="sans-serif"><u>guziy.sasha@gmail.com</u></font></a><font size=1 face="sans-serif">&gt;</font><font size=3>
</font><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif"><br>
To: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">SciPy
Users List &lt;</font><a href="mailto:scipy-user@scipy.org" target=_blank><font size=1 color=blue face="sans-serif"><u>scipy-user@scipy.org</u></font></a><font size=1 face="sans-serif">&gt;</font><font size=3>
</font><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif"><br>
Date: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">07/20/2012
01:02 PM</font><font size=3> </font><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif"><br>
Subject: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</font><font size=1 face="sans-serif">Re:
[SciPy-User] KDTree IndexError</font><font size=3> </font><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif"><br>
Sent by: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</font><a href="mailto:scipy-user-bounces@scipy.org" target=_blank><font size=1 color=blue face="sans-serif"><u>scipy-user-bounces@scipy.org</u></font></a><font size=3>
<br>
</font>
<hr noshade>
<br><font size=3><br>
<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
is it possible to have x2,y2,z2 to test it?<br>
<br>
Thanks<br>
--<br>
Oleksandr Huziy<br>
<br>
2012/7/20 &lt;</font><a href=mailto:DParker@chromalloy.com target=_blank><font size=3 color=blue><u>DParker@chromalloy.com</u></font></a><font size=3>&gt;
</font><font size=3 face="Arial"><br>
I'm using scipy.spatial.KDTree (version 0.10.1) to perform nearest neighbor
interpolation. Recently I've encountered an error when defining a KDTree
from certain sets of data. I have not been able to determine what is unique
about these data sets and the traceback doesn't provide much of a clue
to me. I was hoping someone might be familiar with the problem and provide
some insight into what is causing the failure, what to look for in my data
set, and how to avoid the failure. <br>
<br>
The code which generates the traceback is:</font><font size=3> </font><font size=3 face="Courier New"><br>
tree = KDTree(zip(x2,y2,z2))</font><font size=3> </font><font size=3 face="Arial"><br>
<br>
where x2, y2, and z2 are numpy arrays dtype float64. For one particular
data set which fails these have a length of 157,237, shape is (157237,).
</font><font size=3><br>
</font><font size=3 face="Arial"><br>
<br>
As I said above I don't know what is unusual about the data that causes
the failure to occur. The traceback is copied below:</font><font size=3>
</font><font size=3 face="Courier New"><br>
<br>
Traceback (most recent call last):</font><font size=3> </font><font size=3 face="Courier New"><br>
&nbsp; File &quot;&lt;input&gt;&quot;, line 1, in &lt;module&gt;</font><font size=3>
</font><font size=3 face="Courier New"><br>
&nbsp; File &quot;&lt;input&gt;&quot;, line 75, in interactivemode</font><font size=3>
</font><font size=3 face="Courier New"><br>
&nbsp; File &quot;C:\Python26\lib\site-packages\fluenttools\profile.py&quot;,
line 740, in commonnodes</font><font size=3> </font><font size=3 face="Courier New"><br>
&nbsp; &nbsp; tree = KDTree(zip(x2,y2,z2))</font><font size=3> </font><font size=3 face="Courier New"><br>
&nbsp; File &quot;C:\Python26\lib\site-packages\scipy\spatial\kdtree.py&quot;,
line 174, in __init__</font><font size=3> </font><font size=3 face="Courier New"><br>
&nbsp; &nbsp; self.tree = self.__build(np.arange(self.n), self.maxes, self.mins)</font><font size=3>
</font><font size=3 face="Courier New"><br>
&nbsp; File &quot;C:\Python26\lib\site-packages\scipy\spatial\kdtree.py&quot;,
line 238, in __build</font><font size=3> </font><font size=3 face="Courier New"><br>
&nbsp; &nbsp; self.__build(idx[less_idx],lessmaxes,mins),</font><font size=3>
</font><font size=3 face="Courier New"><br>
<br>
{Prior two lines repeated 974 times} <br>
<br>
&nbsp; File &quot;C:\Python26\lib\site-packages\scipy\spatial\kdtree.py&quot;,
line 201, in __build</font><font size=3> </font><font size=3 face="Courier New"><br>
&nbsp; &nbsp; data = self.data[idx]</font><font size=3> </font><font size=3 face="Courier New"><br>
IndexError: index must be either an int or a sequence</font><font size=3>
</font><font size=3 face="Arial"><br>
<br>
David G. Parker</font><font size=3><br>
_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list</font><font size=3 color=blue><u><br>
</u></font><a href="mailto:SciPy-User@scipy.org" target=_blank><font size=3 color=blue><u>SciPy-User@scipy.org</u></font></a><font size=3 color=blue><u><br>
</u></font><a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target=_blank><font size=3 color=blue><u>http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</u></font></a><font size=3><br>
</font><tt><font size=3><br>
_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list</font></tt><tt><font size=3 color=blue><u><br>
</u></font></tt><a href="mailto:SciPy-User@scipy.org" target=_blank><tt><font size=3 color=blue><u>SciPy-User@scipy.org</u></font></tt></a><font size=3 color=blue><u><br>
</u></font><a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target=_blank><tt><font size=3 color=blue><u>http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</u></font></tt></a><font size=3><br>
</font>
<br><font size=3><br>
_______________________________________________<br>
SciPy-User mailing list</font><font size=3 color=blue><u><br>
</u></font><a href="mailto:SciPy-User@scipy.org"><font size=3 color=blue><u>SciPy-User@scipy.org</u></font></a><font size=3 color=blue><u><br>
</u></font><a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user" target=_blank><font size=3 color=blue><u>http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/scipy-user</u></font></a><font size=3><br>
</font>
<br>
<br>